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的 下调来增强 表达。 组织表现出相当大的 抑制，这与转移症状和不良预后相关。 非小细胞肺癌 表达在非小细胞肺癌（）中下调， 表达低的患者癌症更具侵袭性，生存时间更短 。在临床上，抑制剂耐药的标本显示下调，这与表达上调相关 。 达并使耐药细胞对靶向治疗敏感 。在 中， 的缺失增加了 类特异性组蛋白脱乙酰酶 抑制剂 的敏感性 。 低表达的组织显示 和 … More 的重新激活会降低 的表 →

病例和 期病例相关 。低的 表达和较差的临床预后 。在超过 的早发性胃癌 中检测到 杂合性缺失 ，并与超过 的 中 表达缺失相关 。此外，据报道，胃腺癌患者的配对肿瘤和非肿瘤组织中 的表达降低 。同样，在 . 的胃肿瘤样本中观察到 的单个等位基因缺失，同时在 . 的胃肿瘤样本中发现 … More 拷贝数丢失的 患者表现出较 →

知可泛素化并降解 α。性增加，但不会导致 的其他化疗药物敏感性增加 。 结直肠癌 据报道，结直肠癌 中 表达显着降低 。使用比较基因组杂交 阵列，超过 的 患者 存在 拷贝数丢失，这与疾病进展相关 。在所有人类癌症中，大肠癌的 突变位居第二（.）。与携带野生型 的患者相比，携带 错义突变的转移性结直肠癌 患者的总生存期较短 。令人惊讶的是，与老年诊断的患者相比，年轻的成年结直肠癌患者的 … More 抑制 会导致糖皮质激素敏感 →

促进 和 之间的相互作用来促进 结构域的降解 。最后，报道了病毒蛋白对 靶标的直接竞争机制和置换。例如，卡波西肉瘤相关疱疹病毒 潜伏相关核抗原 可以与 形成复合物。 复合物通过与 竞争与 的结合来抑制 泛素化和降解 。因此， 感染的肿瘤细胞通过减少 介导的 降解 多瘤病毒 含有小 和 … More 蛋白 通过直接与 相互作用并 →

 泛素酶 逆转 。尽管 的单个等位基因缺失允许 介导的底物降解，但对 稳定性影响不大。然而， 细胞表现出 依赖性、 降解和 底物积累 。 底物相互作用的破坏 结构域形成 β螺旋桨结构，参与底物与靶蛋白 区域的结合。特定 残基的突变可以破坏 介导的靶向和降解。在伯基特淋巴瘤患者样本中，在残基 处检测到 基序内的热点突变。从机制上讲，突变的 不再被 … More 的自动泛素化和稳定性可以通过 →

同亚型 。一些病毒癌蛋白可以使 功能失活。例如，病毒的大抗原可以作为诱饵，将γ靶向核质而不是核仁 。 功能可以通过自动泛素化来调节。肽基脯氨酰顺反异构酶 相互作用 已被证明可以负调节 蛋白表达 。从机械角度来看， 以磷酸化依赖性方式与 相互作用，并与 的 区域结合。这引入了 的构象变化，导致二聚化减少并增加 自身泛素化和降解 。 的耗尽导致 上调和 底物（如 ）水平降低，并使癌细胞对化疗药物紫杉醇敏感 … More 白还促进 核仁分布的不 →

具有弱 的底物（如细胞周期蛋白 ）尤其重要。由于 突变通常是杂合的，和靶标降解可能会发生波动 。二聚化增强反式自动泛素化并缩短 蛋白半衰期 。与 单体相比， 二聚体可以与靶蛋白内的多个 结合，并允许在多个位点发生泛素化。这已在 靶标（例如细胞周期蛋白 ）中得到证实。二聚化还允许 与次优 序列结合。至于其他二聚化因子，不影响二聚化结构域的突变可能会产生显性负效应，因此比导致等位基因丢失 的突变更有害  因此，预计 突变对底物的功能影响可能相当多 变，并且对靶向治疗的反应也可能是不可预测的 。 图 … More 因此突变如何影响蛋白质功能 →

变相比， 显示出更高的致癌活性 。 表 基因家族：包含 和 重复结构域 全尺寸桌子 表 蛋白复合物 全尺寸桌子 图 图 基因突变会损害 介导的癌基因降解。 通过保守的 磷酸化子 基序识别其底物，该基序需要底物被激酶磷酸化。 复合物由 、、 … More 的 缺乏 降解的原因尚不清楚 →

表达的降低相关。出乎意料的是， 较长的总生存期相关，尽管它也与高级别肿瘤相关 。者 表达降低 。 突变与 启动子的高甲基化相关，导致 基因水平降低。这可能是由于 能够增加 甲基转移酶 的表达。据报道，除了 修饰外，组蛋白修饰也可控制 的表达。 同源物 多梳抑制复合体 的增强子 是一种参与基因表观遗传沉默的组蛋白甲基转移酶。 导致在 的组蛋白 残基 … More 卵巢癌患者的样本显示 突变的患 →

达和 活性。这表明 可能充当调节 活性的开关 。相关，导致 依的 和 磷酸化是 介导的 蛋白酶体降解所必需的 。 的过度表达会降低卵巢癌细胞中 的表达 。此外，与 杂合子敲除小鼠 和 杂合子敲除小鼠 相比，放射诱导的肿瘤潜伏期在 杂合子和 杂合子敲除小鼠 … More 辐射诱导的 丢失与 表达的激活 →

子的作用已得到充分证实。然而，最近在人 细胞白血病病毒 转化的成人 细胞白血病 细胞中发现的新型致癌 突变体表明 可能具有致癌作用。 突变 和 在与 的癌蛋白 、突变的 或突变的 共表达时表现出转化活性 。这些观察结果是相关的，因为 和 的这些突变先前已在多种人类癌症中检测到 。 突变体的转化活性通过其提供 永生化人类 … More 的致癌活性 作为肿瘤抑制因 →

后，雷帕霉素治疗可延迟 双杂合子 小鼠的肿瘤发展，但不会延迟 单杂合子 小鼠的肿瘤发展 。这些观察结果表明 和 在辐射诱导的肿瘤形成中的重要性。此外， 缺失或突变细胞中 表达增加使这些细胞对雷帕霉素治疗敏感 。因此， 失活可用作生物标志物来识别对雷帕霉素治疗反应更好的患者 。 君 激活蛋白（）二聚体主要由和蛋白组成，是控制细胞增殖、应激反应和凋亡的重要因子。在生理条件下， 表达受 介导的泛素化和蛋白酶体降解控制。 从机制上讲， 需要 β … More 赖性 降解 此外，在暴露于辐射 →

的 。这些相互作用导致残基 、 和 磷酸化。此外，αβ 和 （整合素连接激酶）也会磷酸化 ，以实现 介导的降解 。该事件由 αβ 、 和 磷酸化以及 磷酸化介导。 的基因突变阻止 介导的更新已在许多造血系统和实体瘤中得到证实 。除了 突变外，超过 的儿童 … More 期蛋白 与 或 复合来磷酸化 结构域中 →

过使 去泛素化来抵消 介导的 降解 。 细胞周期蛋白 细胞周期蛋白 细胞周期蛋白依赖性激酶 （细胞周期蛋白 ）通过在 相转变时许可 复制来调节细胞周期进程 。在许多癌症中观察到细胞周期蛋白 表达异常 。据报道， 的突变会损害其降解细胞周期蛋白 的能力，从而导致染色体不稳定、非整倍性，并在肿瘤发生中发挥作用 。在 敲除小鼠中，细胞周期蛋白 水平升高与 … More 蛋白酶 和 也被证明可以通 →

中表现出突变和等位基因丢失 。尽管 −−小鼠是胚胎致死的，但 的缺失会抑制细胞分裂、干细胞分化、增强染色体不稳定性，并可能导致造血细胞癌症 。大多数 靶标被称为原癌基因，进一步支持 作为肿瘤抑制因子的作用。使用 敲除，有人建议可能有接近 个 底物 。 介导的降解水平可以进行两倍调节 。 结合可以通过底物 基序内的多个磷酸化位点得到增强，从而允许额外的细胞途径汇聚并调节底物磷酸化降解 此外， 蛋白本身的二聚化可以增加 的活性以及 与底物的 结合，特别是对于那些具有弱磷酸化降解子的底物。糖原合成酶激酶 … More 瘤，并且经常在各种人类癌症 →

路的其他机制也可以使癌细胞中的 功能失活。在以下部分中，我们将讨论 的调节、其在肿瘤发生中的作用，以及 功能丧失在人类癌症中的临床意义和预后价值。基于高通量测序的人类癌症遗传图谱表明， 在人类癌症中经常发生突变。除了基因突变外，涉及 、长非编码 和特定致癌信号通路的其他机制也可以使癌细胞中的 功能失活。在以下部分中，我们将讨论 的调节、其在肿瘤发生中的作用，以及 功能丧失在人类 癌症中的临床意义和预后价值致癌底物及其在癌症中作为 肿瘤抑制因子的作用 是 蛋白家族的成员，该家族是 蛋白复合物 β 的一部分。 复合物是一种 泛素连接酶，可泛素化蛋白质并触发蛋白酶体降解。 复合物由四个亚基组成：、 … More 长非编码 和特定致癌信号通 →

中，突变，尤其是 ，反应的有限获益，非 组显示出中等的 获益，并且在 组中观察到显幸运的是，进一步的分析表明突变与更好的免疫治疗结果无关，因此将所有队列放在一起进行元队列分析是合乎逻辑的。此外，我们招募功能性突变变，尤其是 ，是 对免疫检查点阻断敏感性的一种新的、常见的决定因素。更重要的是，我们的结果揭示了个体化联合免疫治疗的可能 性，即在非小细胞肺癌的方案中添加抑制剂 以优化临床实践中的治疗。 潜在利益冲突的披露 没有披露潜在的利益冲突。抽象的 泛素蛋白酶体系统 参与细胞过程的多个方面，例如细胞周期进展、细理发师、美发沙龙电子邮件列表胞分化和存活（ 等人， ； 等人， 年）。 ，  和 重复结构域包含 … More 被确定为肿瘤细胞对 治疗有更好 →

的尝试因有关不同突变功能的可用信息有限以及中缺乏热点而受到阻碍。基因突变，如 和 数据库中所示。为了缓解这一限制，我们使用了 系统，它可以对 蛋白的突变功能进行强大的评估，帮助我们从所有中区分出 突变错义突变。然而，该系统无法破译错义突变作为激活或失活的精确功能。尽管错义或无义突变患者 获益增加的趋势相似，但由于 本研究缺乏直接功能数据，我们不能简单地假设不同位点 的错义突变全部失活。对免疫治疗功效产生不同的影响，这可能通过细胞系和异种移植模型的进一步分子研究来解决。 尽管鉴定了 ，但使用与我们队列相似的抵押贷款经纪人电子邮件列表检测方法在队列（）中的预测效果并不理想，这可能会降低该生物标志物的稳健性。这种较差的结果可以从两个角度来解释。首先，与 组中 和 显着相关的混杂变量（包括性别、种族、组织学、东部肿瘤合作组、转移部位数量以及 、 和 突变）可能会影响预测效果 单变量分析中的突变。调整这些因素后， 之间的关联操作 系统变得很重要。其次，与我们队列中的常规 … More 激活和失活突变可能会 →

着的免疫治疗结果。 个体（详细比较见补充图）。很小或没有影响；这可能是临床结果与已识别的非 之间相关性较弱的基础。 与临床益处一致，在 和非 组中都发现了相似的 染色，但 较高。 试验中使用的 抗体是 ，该抗体与 批准的标准化检测、 和 等其他抗体的一致性较差，特别是在高染色样本中 ，这可能会降低本研究中 分析的可信度。至于，则是诱变与修复对抗的结果。在本研究中，在具有 或非 的 中发 现了相似的 … More 许多错义突变可能对蛋白质功能影响 →

名晚期 患者。备受关注的是它们与 （而不是化疗药物）更好的临床结果之间的显着相关性，阐明了免疫治疗中的预测作用，但不是预后作用。在所有类型的突变中，相对于无害突变，有害突变可能具有更强的预测能力。此外，我们将 和免疫激活相关基因的更大转录区分为 预测价值的潜在机制。 人群（补充图 所示）。 这项研究是研究 反应与家族之间关联的首批报告之一。正如之前一项主要涉及黑色素瘤和 的研究报道的那 突变很少发生在接受免疫治疗时过度进 展的患者中 。基于不同 成员之间的相似性，我们考虑了 家族的所有四个成员，发现的突变（而不是 ）与中 治疗的较高 和较长 相关 非小细胞肺癌。 … More 内在决定因素，五个队列总共涉及 →

突变不同，错义突变可能是有害的了研究突变预测作用的可能机制，我们首先旨在确定 突变与 中果表明，与非 的 相比，具有的 中 通路的激活可能会增强，尽管这两个簇中的水平相当。 是诱变和 修复对抗的结果。 中的 相当，但 系统的激活较高，这可能表明携带 的 中可能发生更剧烈的突变。 对免疫浸润和反应的影响 使用 下游信号传导、 细胞 细胞 细胞激活、失活呈正相关。 … More 着影响肿瘤细胞的截短 →

类固醇激素的代谢。这些结果描绘了具有 突变的 相对于具有非 突变或不具有任何突变的 的过度活跃的免疫微环境和强大的免疫反应，这可能与更大的益处相关来自 突变的免疫治疗 患者。 有害的 突变是 获益的预测性生物标志物，而非预后性生物标志物 如上所示，与非 相比， 与 基因的潜在更高转录和激活的免疫微环境表现出更大的关联，这似乎与免疫治疗的更好疗效相关。接下来，我们试图在 队列中验证这一假设，其中  和化疗药物（多西他赛）的 数据均可用，并且由于 设置 而具有高可信度。 之前在补充图中，我们诊所电子邮件列表排除了与突变相关的更好结果的可能性。在这里，我们进一步通过区分突变，以探讨有害的突变是否可能是有益的。携带有害、或突变的患者表现出比携带野生型 … More 胞的程序性细胞死亡和 →

润的程度，发现与没有突变的 相比，具有 的 中 巨噬细胞有所增加（补充图 ）。尽管在其他免疫细胞亚群中没有发现任何差异，但 患者对肿瘤新抗原的免疫反应可能更高， 在下一节中对此进行了探讨。 如图所示，与 组相比， 组显示出多种显着的免疫激活富集，包括抗原加工和呈递、细胞受体（）细胞受体（）下游信号传导、 细胞和自然杀伤 细胞的激活、调节性 细胞 的抑制、程序性细胞死亡和类固醇激素的代谢。相反，与 组相比，非 组的富集度要低得多。 的详细曲线如补充中免疫基因表达的有 害 突变。 … More 们估计了免疫细胞浸 →

的稳健预测因子（包括 表达和较高的 ）是否同时发生。我们从 试验中确定了一个队列，其中 和 检测的数据均可用 。在该队列中，参与者根据两个变量分为九个亚组：（：<；：≤<；：≥）和表达（阴性） ：和；中间：和或；强表达：或。如图所示，是 的发生率，该突变在 亚组中富集，与 表达无关。此外，状态（抗体）在三组中的分布是平行的（图 ），但与相比， 和非 组中的水平显着更高个体图 。 此外，在数据库的 患者中也观察到了类似的趋势  对的 影响 尽管在 … More 这九个方格中代表九个亚组的数字 →

质结构有影响。为了排除一般不影响蛋白质功能的良性突变，采用分析来区 ， 分别）。由于截短突变和误高突变都明确影响相关基因的生物学功能，因此我们将这两种改变结合起来，并将其定义为 。相对而言， 的误低突变和所有突变被鉴定为非缺失突变，而没有任何突变的患者被归类为对照组（ ）。工作流程如图所示。 图 . 图 . 中 和 上的有害 突变 根据不同 成员和突变形式分类的 和 队列中 突变的比例。 ，通过突变形 加拿大制药电子邮件列表式和系统鉴定和非的流程图。 … More 或良性的，因为它们对蛋白 →

量和多变量分析。在每个队列中， 的多变量 值突变超过，相反，、和突变的值低于（补充图），这表明突变与突变的预测价值相互矛盾。因此，我们进一步关注这些队列中突变的预测功能的潜力。 在 人群中，观察到突变对免疫治疗 （图 – ）、（图 – ）和 （图 – ）的有利趋势所有队列。汇总估计表明，与 组相比， 组表现出更好的 图 。在所有汇总估计值中，异质性统计分析均不显着（ > .），表明突变与这些队列中 的有利获益之间的关联具有一致性。 … More 的 和 获益的影响进行了单变 →

情况如图所示。与之前的研究一致，相对于无反应者，有反应者的和突变率较高 。除此之外，突变也被发现在应答者中富集（图 ）。 图。 图 . 突变与 中 的更好反应相关。 ，堆积图显示突变负担（直方图，顶部）  和 突变（平铺图，中）； 达到客观缓解或疾病进展的患者的突变率（直 方图 右  和突变标记（下） 散点图显示已达到客观缓 变率。 成员以橙色突出显示。 和 … More 解或疾病进展的患者的突 →

用 方法评估其显着性。在单变量和多变量分析以及相互作用测试中，采用 回归计算 和 的 ，探索突变与治疗选择（ 与多西他赛）之间的相互作用。带的变量单变量分析中低于 . 的值包含在以下多变量分析中。采用随机效应逆方差加权方法汇总结果，通过 及其 置信区间 计算得出结果，以估计对 、 和 等临床获益的影响大小。使用 统计数据对不同研究之间的异质性进行评估。 > . 和 < … More 采用 方法描绘 和 曲线，并使 →

确实具有破坏性时，将其归类为破坏性）率。根据评估错义突变危害的最终得分，我们将截止值设置为.，将错义突变分为较高影响组或较低影响组，然后探索有害突变（ ）的更好预测功效，与非有害的突变（ ）相比。 基因集富集分析 对于基因集富集分析（；参考文献 ），从…下载 桌面应用程序（ ..）。 用于将基因特征与 和非 相关联。本研究中测试的签名如补充表 所示。被鉴定为富集谱前沿的基因进行了路 径分析 导出所有基因的倍数变化值，并使用 预排序模块使用 .. 版本进行分析。归一化富集分数（）是检查基因加拿大医疗保健、医疗电子邮件列表集富集结果​​的主要统计数据。标称值估计富集分数的统计显着性。标称 < . 的基因集被确定为基因显着富集。 … More 破坏性的可能性 的估计值当 →

研究的亚群。使用 组对 名 患者的肿瘤组织进行了分析（ 基因组，. ， 名患者； 基因组，. ， 名患者； 基因组，. ， 名患者；参考文献 ）。）。值得注意的是， 和 队列之间确定的重叠患者不会影响其临床结果的独立性，因为 研究显示了客观缓解率 和无进展生存 数据，而 研究已发表操作系统数据（、）。 … More 定为与免疫治疗总生存期关系的泛癌 →

超进展相关的强大生物标志物 。其次， 抑制可能会增强 通路调节的肿瘤免疫原性 ，这可能是通过 与共济失调毛细血管扩张突变之间的直接结合实现的 ）。第三，在免疫微环境中，骨髓源性抑制细胞（）上的配体与肿瘤细胞上的受体相互作用，从而提高癌症干细胞（）的能力（），从而增加配体的表达对 产生正反馈，最终导致免疫耐受 。基于这些观察结果，我们假设 中的突变可能预测免疫治疗的临床获益。 材料和方法 患者 在武汉协和医院接受 抑制剂治疗的 患者 ，在治疗前进行了循环肿瘤 基因组分析（； 基因组，补充表 ），这些患者被纳入我们的 队列。我们队列的患者特征如补充表 … More 要对 进行 的调节 是与免疫治疗 →

小化学物质可能增强对 的反应的可能性。这一推论可能会引导未来的研究探索在 方案中添加 抑制剂的疗效，以优化临床实践中的 治疗。 介绍 免疫检查点抑制剂 革新了非小细胞肺癌 患者的标准治疗方法，前所未有地延长了患者的生命 。尽管如此， 的持久反应仅发生在极少数，这需要进一步研究预测临床益处的生物标志物。 迄今为止，两个关键的生物标志物，即程序性死亡配体 表达和肿瘤突变负荷 ，已在有 关 的随机对照试验 中得到前瞻性验证 同时，对基因 组图谱的回顾性分析发现了与更好结果相关的潜在生物标志物，例如 损伤反应 … More 其配体的单克隆抗体或 →

目的： 信号传导与非小细胞肺癌 的肿瘤发生、免疫检查点抑制剂 的临床益处相关。我们假设 中的突变可能是免疫治疗效果的有力预测因子。 实验设计： 分析了涉及免疫治疗患者的 内部队列和公共队列的多维数据，包括基因组、转录组和临床数据。进行多态性表型 系统以确定有害的突变 。通过 和基因集富集分析，在癌症基因组图谱 数据中对分子机制进行了进一步研究。 结果： 我们的 队列 和其他四个队列发现 人群中突变与更好 的 结果之间存在显着相关性，包括客观缓解率（. 倍， … More 突变和免疫耐受相关，表明其与 →

分别仅表现出）和）突变。此外，值得注意的是插入p。在血液％）和转移性支气管肿瘤％）中检测到dup。此外，疾病进展后对不同样本的分析表明，原发部位utsb）和外周血utsb）以及脑转移utsb）和支气管）中存在肿瘤突变负荷）。utsb；图。表免疫检查点抑制剂治疗期间失调免疫抑制受体和配体上调以及干扰素信号通路有关 抑制具体来说，编码受体相关或和抗原呈递的基 原呈递获得的对阻断的抗性相关。成功的抗肿瘤反应取决于抗原经历的细胞重新激活和增殖，任何影响该过程的因素都可能导致耐药性。该患者的所有进展肿瘤标本均显示拷贝数和突变医疗外科牙科设备电子邮件列表略有减少。是一种编码脂质磷酸酶的肿瘤抑制基因。先前的研究表明，肿瘤细胞中的缺失通过增加免疫抑制细胞因子的表达和抑制自噬来参与抵抗，从而分别导致肿瘤中细胞浸润减少和细胞介导的细胞死亡减少。原发肿瘤显示浸润减少疾病进展后的细胞。有趣的是，据报道，在缺陷黑色素瘤基因工程 小鼠模型中，添加β抑制剂可增强和抑制剂的功效，从而可以通 过联合治疗克服获得性耐药。最近，肿瘤相关的在调节中 美国在线电子邮件列表 的作用引起了人们极大的兴趣。黑色素瘤小鼠模型表明，肿瘤减少导致免疫抑制细胞例如regs骨髓源性抑制细胞）浸润减少和细胞毒性细胞增加。另一项研究进一步表明，阻断信号传导导致免疫细胞浸润减少骨髓源性抑制细胞肿瘤相关巨噬细胞和regs），并减少和等免疫检查点分子的肿瘤表达。同样，本研究中的患者表明，突变升高）伴随着支气管转移中浸润巨噬细胞的显着升高。缺口突变通过调节参与骨

效。显示三个治疗臂的示意图。组由抗药物和色瑞替尼组成n），组由色瑞替尼和抗药物组成n），组由抗药物和色瑞替尼组合组成n）。）。定义为从药物治疗到首次进展的持续时间。无进展生存期定义为从第二次药物治疗到第二次进展的持续时间。治疗持续时间的游泳者图。三个治疗组分别表示为组组和组，轴下方描绘了色瑞替尼抗和微的时间表。治疗线和完全缓解）部分缓解）和进展性疾病）的时间点用颜 色和符号标记红色抗，蓝色色瑞替尼，绿色抗）加色瑞替尼， 白色圆圈，黄色圆圈，黑色圆圈，黑色箭头正在进行）。显示了代表性的冠状加权图像。存款机构电子邮件列表单独接受抗治疗的小鼠显示出疾病进展组），用色瑞替尼治疗的小鼠显示出初始反应，然后在耐药后进展组），而用色瑞替尼和抗组合治疗的小鼠显示出初始反应，然后在耐药后进展组）。显示了臂臂和臂通过aplaneier曲线确定的无进展生存期。如图所示，通过对数排序分析比较各个臂之间的和。证明了中位生存率和统计显着性双向方差分析，p值：ns， 不显着， 图中的游泳者图显示了三个手臂的治疗持续时间 与预先单独使用抗相比，预先色瑞替尼组）或色瑞替尼和抗组 美国在线电子邮件列表 合组）显然产生了更持久的反应。每只手臂的小鼠肿瘤的代表性图像如图所示。接下来，我们从和方面分析了每种治疗的生存结果图）。和组的中位分别为天天和天。正如预期的那样，与组相比，组和组显示出显着延长的。组和组的没有显着差异，表明联合治疗并没有延长前线的。中位图中组为天，组为天，表明色瑞替尼耐药后抗治疗无效。中位分别为天天和天，证实了前期色瑞替尼是最有效的治疗

成差异表达基因的热图。为了分析库，进行了高深度测序。序列通过i的提取，并通过c包）进行分析。全外显子组测序ureelect靶标富集系统）用于外显子组捕获测序过程。将具有生物素化文库“”的杂交基因组样品与链霉亲和素包被的磁珠混合。洗涤珠子捕获的基因组并消化。通过下一代测序分析收集的基因组颗粒。文件由生成。文件与mm基因组参考比对，然后生成文件。提取可映射读数目标读数和插 入缺失是通过分析管道生成的 取映射由执行 行标记 重复过滤器icard）插入缺失重排）和碱基重新校准以进行变体检出。用于变体调用变体过滤。肝组织的马森三色和网状蛋白染色在用马森三色染色剂染色的切片中，对肝脏中的胶原染色进行单独定量。omori的网状蛋白纤维银浸渍方法是在安装在载玻片上的福尔马林固定石蜡包埋的切片上进行的。分析每组三张载玻片。使用分非存款信贷机构电子邮件列表析成像软件记录每个切片中蓝染的比例面积，并计算五个视野的平均值以得出每个视野的胶原染色的相对值。统计分析使用aplaneier方 法和相关的估计生存分析 所有统计分析和图表均使用软件 ，芝加哥，伊利诺伊州，美国）和raphadrism进行。结果小鼠 美国在线电子邮件列表 临床试验显示抗治疗对阳性肺癌无效我们设计了一项由抗和色瑞替尼组成的三臂试验来评估每种治疗的疗效和毒性。本研究的原理图如图所示。将每组中的小鼠分配至以下治疗组。组：抗，然后是色瑞替尼n，组：色瑞替尼，然后是抗n，组：抗和色瑞替尼组合n。当臂和臂肿瘤出现进展定义为）时，二线治疗指定如下：抗改用色瑞替尼，并继续治疗直至进展），改用色瑞替尼抗并持续治疗直至出现进展）。在药物治疗期间，每周进行以测量肿瘤大小，并根据在线补充图中的描述确定客观反

分离的细胞与冷冻培养基一起保存在液氮罐中直至使用。样品用以下抗体染色：电子生物科学）。所有样品均在ortessabiosciences上运行并使用lowo软件reetar进行分析。酶联免疫吸附测定使用试剂盒iolegend，圣地亚哥，加利福尼亚州，美国）测量转基因小鼠血清中的干扰素）γ和白细胞介素）p。使用max酶标仪olecularevices测量nm处的光密度读数。细胞因子浓度通过试剂盒hermoisher，美国）测量的蛋白质浓度进行标准化。 多重免疫组织化学使用mm厚的切片m抗体ellignaling）作为一抗进行免疫组织化学 实验。所有载玻片均通过ond全自动染色装置染色，通过ectraolariserkinlmer扫描，并根据制造商的方案通过henochart和normerkinlmer进行分析。使用抗m抗an安全、商品经纪人电子邮件列表抗m抗moxp抗m和抗mranzyme抗体进行多重免疫组织化学分析。norm软件用于分析组织和细胞分割。通过整合并转换包含靶标表达的单个细胞。通过lowo软件分析转换后的矩阵文件的解卷积结果。测序和谱分析使用zol分离试剂ifeechnologies，卡尔斯巴德，加利福尼亚州，美国  从媒介物和色瑞替尼耐药肿瘤中提取总 使用生物分析仪和gi lentpico试剂盒gilentechnologies，antalara，alifornia，）分析完整 美国在线电子邮件列表 。根据制造商的说明，使用rueq链状m样品制备试剂盒llumina，圣地亚哥，加利福尼亚州，美国）对提取的总进行处理，以制备m测序文库。所有样品均在lluminaieq测序仪上使用双端bp读数进行测序。原始图像数据通过碱基识别转换为序列数据并以格式存储。使用utadapt修剪和测序接头的五个独立样本的双端读数）。使用a将修剪后的读数与m小鼠参考基因组进行比对，并使用ubread包中

耐药至关重要。值得注意的是，支气管转移显示显着富集与原发序。结果小鼠临床试验显示，抗治疗无效，色瑞替尼联合抗的疗效并不比一线单独使用色瑞替尼更有效。每次治疗后观察到免疫细胞和细胞因子的动态变化，而淋巴细胞的变化不明显。仔细观察色瑞替尼耐药前后的肿瘤免疫微环境，发现肿瘤和基质中的调节性验和回顾性研究中，s对不吸烟患者的益处微乎其微。在durvalumab的期研究中，名 阳性患者中未观察到缓解 此外，对对具有靶向癌基因的患者 效的回顾性分析显示，在阳性患者中的为。还控股、投资办公室电子邮件列表报道了几项评估与联合用药的试验，与联合用药对初治患者艾来替尼和阿替利珠单抗）的疗效显示，缓解率为，中位为个月。考虑到一线艾乐用。使用的抗iocell，西黎巴嫩，新罕布什尔州）是单克隆抗体，它与小鼠也称为）发生反应。该药物在使用 前储存在°下，并用磷酸盐缓冲盐水稀释 抗治疗每周两次腹腔 注射，剂量为每只小鼠µg。和肿瘤测量的优化在研 美国在线电子邮件列表 究开始前完成。对于，小鼠在氧气中用异氟烷麻醉。协议经过优化，可在下评估肺实质iopec系统ruker，illeria，马萨诸塞州））。所有肿瘤均在加权图像上进行分析。用他莫昔芬腹膜内治疗一周后，通过测量肿瘤大小。然后在第一次后接受治疗。肿瘤测量和疗效评价标准如下：）完全缓解）定义为所有肿瘤病灶完全消失，）部分缓解定义为肿瘤直径总和较基线缩小>，）。定义为开始药物治

月的令人印象深刻的，艾乐替尼和阿替利珠单抗的联合治疗似乎并不比艾乐替尼单药治疗更有利。最近，色瑞替尼加纳武单抗的组合被证明具有活性，特别是对于高表达的患者。然而，由和组成的联合试验报告了以水平升高为代表的显着肝毒性，并且肝毒性的机制仍不清楚。已经确定了阳性患者免疫治疗效果不佳的几种解释，例如重排与低 肿瘤突变负荷缺乏细胞浸润和可变的表达相关  然而 ，这些研究的患者数量非常少，而且结果只是探索性的。在我们得出单药或和组合对阳性患者没有额外价值之前，我们需要进一步了解肿瘤免疫微环境响应治疗的动态变化。在本研究中，我们旨在通过使用转基因小鼠模型来研究抑制剂和对阳性的综合免疫调节潜力。我们之前报道过转基因小鼠的效用，该小鼠概括了人类阳性肺腺癌。使用该模型，我们进行了小鼠临床试验，并比较了不同治疗方案的功效和毒性。我们还分析了针对不同治疗的综合免疫动力学和免疫反应性。方法转基施工电子邮件列表因小鼠这项研究遵循机构动物护理和使用委员会的全球标准动物护理条件。该研究计划得到 了延世大学的批准  所有实验小鼠均被饲养在集落笼中，并 在经国际实验动物护理评估对于肿瘤发生，小鼠每周接受两次他莫 美国在线电子邮件列表 昔芬治疗。对于肿瘤发生，需要用他莫昔芬治疗来激活re。他莫昔芬igmahemical，圣路易斯，密苏里州，美国）腹腔注射两次，间隔天，周后所有小鼠均出现肺部肿瘤。转基因小鼠的药物治疗确认肿瘤形成后，小鼠接受抑制剂色瑞替尼治疗。色瑞替尼由诺华制药公司提供，使用前保存于℃。治疗前，将色瑞替尼用基于去离子水的ween稀释。将稀释后的色瑞替尼匀浆并剧烈涡旋，并在小时内使

达细胞均有所增加。尽管表达增加，但这些发现并未伴随介导抗肿瘤免疫反应的效应细胞增加。结论接受色瑞替尼治疗后进展的阳性肿瘤的免疫原性不足以对免疫检查点抑制剂产生反应。是一篇根据知识共享署名非商业许可证分发的开放获取文章，该许可证允许其他人以非商业方式分发重新混合改编在此作品的基础上进行构建，并在不同的平台上许可其衍生作品。条款，前提是正确引用原始作品，给予适当的署名，注明任何更改，并且使用是非商业性的。 请ltmetric分数为查看更多详情推文endeley的位读者请求权限如 果您希望重复使用本文的部分或全部内容，请使用下面的链接，该链接将带您访问版权许可中心的ightsink服务。您将能够快速获得价格并立即获得以多种不同方式重复使用内容的许可。请求权限背景非小细胞肺癌的分子谱分析发现了驱动和维持肿瘤发生的多种遗传畸变。其中，重排代表了可以作为治疗目标的肺建筑施工、总承包商电子邮件列表部致癌驱动因素的一个例子。大量随机试验和荟萃分析表明酪氨酸激酶抑制剂在治疗重排方面优于细胞毒性化疗。这些试验显示在客观缓解率和无进展生存期方面具有一致且显着的优势。尽管初始治疗能够很好地控制疾病，但不可避免地会产生对的获得性耐药 性，克服耐药性的策略仍然是一个关键挑战 最近非小细胞肺 癌治疗的“游戏规则改变者”是免疫检查点抑制剂s）。抗 美国在线电子邮件列表 程序性死亡细胞蛋白或抗程序性死亡配体能够诱导持久的长期缓解，与一线的传统化疗相比，具有更优异的抗肿瘤功效。然而，大多数临床试验将的使用仅限于突变或融合野生型的患者，这意味着这些致癌基因成瘾的患者已被排除在的获益之外。有证据表明对致癌基因成瘾患者的疗效较差。在多项临床试

自然杀伤细胞，这与作者认为免疫细胞减少与耐药性有关的观点形成鲜明对比。鉴于支气管病变表现出独特的突变，作者推测肿瘤浸润免疫细胞的富集是由外显子插入引起的。需要更多的研究来进一步调查不同的驱动突变是否会导致不同的免疫微环境。浸润免疫细胞与获得性耐药之间的关系需要进一步研究。肿瘤细胞和上的表达已被推荐作为治疗的预测生物标志物。表达或高的患者使用显示出有希望的临床结果。然而，在作者的患者中，所有进展标 本中原发灶和转移灶之间的表达存在异质性 原发肿瘤中 低表达，转移部位高表达。与的关系表达和获得性抵抗重型建筑承包商电子邮件列表尽管其机制仍不清楚。结论该患者表现出拷贝数和外显子插入的遗传改变，以及阿替利珠单抗耐药后和细胞浸润和细胞减少的变化。然而，这些基因改变和时间变化如何在抗性中发挥作用仍有待发现。临床转化癌症免疫疗法原创研究阳性非小细胞肺癌治疗反应的免疫动力学和免疫反应性综合分析表京浩孙敏林朴彩元哈尼乔金宰焕ianun金多熙hunengin李旺恩比安卡·乔治乌敏熙红金 惠莲孝燮沉米章抽象的背景是一种独特的分子实体 对酪氨酸激酶抑制剂高度敏感。迄今为止，免疫检 美国在线电子邮件列表 查点抑制剂s）尚未证明对阳性非小细胞肺癌有效。在本研究中，我们利用转基因小鼠模型进行了小鼠临床试验，以全面研究的免疫调节作用并探讨s的耐药机制。方法转基因小鼠被随机分为三个治疗组组：抗程序性死亡细胞蛋白组：色瑞替尼组：抗和色瑞替尼），并评估肿瘤反应使用核磁共振成像。测量无进展生存期和总生存期以比较疗效。对耐药前后获得的肿瘤进行流式细胞术多光谱成像全外显子组测序和测

征得患者同意。遗传改变总结于表中。作者的结果显示，在使用atezolizumab之前，原发肿瘤中没有驱动突变。然而，进展后的所有样本，包括原发部位支气管转移和脑转移），均显示磷酸酶和拷贝数减少突变分别为和）。有趣的是，进展的原代组织表现出和的突变。然而，支气管转移部位和髓源性抑制细胞和reg募集到肿瘤部位色素瘤中浸润免疫细胞的类型。此外，抑制可改善肿瘤对治疗的反应。综上所述，和突变可能 通过影响参与获得性耐药 然而，和突变在患 者耐药中的作用机制需要进一步研究。值得注意的是特殊贸易承包商电子邮件列表，作者研究中的患者在进展后的转移性支气管部位和血液中出现了新的外显子插入，表明外显子插入与获得性耐药相关。激活可以上调表达。作者对支气管转移的分析还发现表达增加，表明通过途径插入外显子诱导耐药的潜在机制。既往研究表明，突变与肺癌患者对单药治疗的低反应有关，。然而，一项研究观察到插入的患者在接受联合铂类化疗治疗时出现部分缓解。此外，与接受单药治疗的患者相比，接受联合铂类双药化疗的突变患者的无进展生存期显着延长个月vs 个月；风险比 外显子插入可能与获得性耐药相 关，在这种情况下，s加化疗可能是发生耐药后的有 美国在线电子邮件列表 效治疗策略。一项研究监测了治疗前后样本中的变化，包括和的表达，发现表达与细胞功能障碍相关抗肿瘤细胞生成和功能不足导致治疗失败。在本研究中，患者治疗前原发肿瘤中和的低表达可能解释了对atezolizumab单药治疗的有限反应。此外，进展的原发肿瘤显示和减少细胞以及细胞与预处理样本相比，表明与获得性耐药之间存在关系。然而，细胞表现出极大的异质性，明显不同的亚群

标本的基因分析结果。发肿瘤进展支气管转移脑转移血脑脊液插入p。dup–––拷贝数n––––拷贝数n––页。–––页。–页。fs–臻和生物科技有限公司获得的二代测序结果：脑脊液。图疾病进展后不同部位的肿瘤突变负荷评估。：肿瘤突变负荷。通过多重免疫组织化学补充材料）使用由和组成的五标记物组检查肿瘤免疫微环境状态。其中，和分别存在于细胞自然杀伤细胞和巨噬细胞中。 根据表达和肿瘤浸润淋巴细 可分为四种类型。作者的 结果显示，s前后原发肿瘤中的表达仍然相对较低。有趣的是，和支气管转移表明肿瘤细胞和免疫细胞中的表达分别增加表）。与预处理肿瘤相比，进展性原发性肿瘤的多重免疫组织化学分析显示，总细胞vs）细电子、电气制造商电子邮件列表胞vs）和细胞vs）减少细胞总数vs）细胞总数vs）细胞总数vs）和细胞总数vs）增加。关于支气管转移，预处理与进展的原发部位相比，细胞vs）细胞vs）和细胞明显富集。细胞vs）。此外，支气管病变显示出较高的和细胞浸润，尤其是细胞和巨噬细胞；图。表免疫检查点抑制剂治疗前后不同样本中的表达。表达预处理后处理原发肿瘤原发肿瘤进展支气管转移脑 转移肿瘤细胞–免疫细胞––臻和生物科技有限公司获得的二代测 序结果图通过多重免疫荧光染色的肿瘤组织的代表性 美国在线电子邮件列表 组织学图像，显示肿瘤微环境中的免疫细胞浸润。治疗前的原发肿瘤。治疗后原发肿瘤耐药。治疗后出现耐药性支气管转移。对免疫治疗前后各种样本中和的表达进行肿瘤免疫微环境特征的定量多重免疫组织化学分析。讨论只有一小部分患者从治疗中受益，并且耐药性不可避免地发生，其原因尚不完全清楚。迄今为止，越来越多的证据表明，耐药的机制可能与肿瘤抗原丢失抗原加工和呈递

没有显着差异。最佳总体响应；，实体瘤疗效评估标准；，全外显子组组景观。细歌学术oyamakbayi等人：缺陷促进中性粒细胞募集和促炎细胞因子产生，从而抑制肺肿瘤微环境中的细胞活性。癌症研究：，阻断通过抑制适应性免疫抵抗来诱导名复发性肺鳞状细胞癌患者，该患者在接受基于atezolizumab的治疗个月后病情进展，试图通过监测治疗过程中 的多维变化来识别潜在的生物标志物和获得性耐药机制 案例展 示一名岁男性被诊断患有右下肺鳞状细胞癌，且在先前治疗后病情进展，于年月日住进作者所在的医院。该患者从月日起接受了三个周期的atezolizumab每周静脉注射毫克）至年月日。根据年月日实体瘤中的疗效评估标准，使用后续计算机断层扫描）扫描评估病情稳定图）。然后将白蛋白结合型紫杉醇添加到atezolizumab中。治疗方案为每周食品、同类产品制造商电子邮件列表静脉注射atezolizumabmg加白蛋白结合型紫杉醇mgm静脉注射，持续周。年月日的扫描显示原发肿块显着减少，表明联合治疗方案四个周期后出现部分缓解。年月，白蛋白结合型紫杉醇停药，采用atezolizumab每周静脉注射mg）单药维持治疗。 经过个周期的atezolizumab单药治疗后，年月日的扫描显示原发肿块 明显增大，表明疾病进展。整个治疗过程和临床结果 美国在线电子邮件列表 总结于图中。图先前治疗后病情进展的肺鳞状细胞癌患者的临床治疗过程和治疗期间主要病变的评估。免疫治疗期间肺窗原发肿瘤反应的代表性计算机断层扫描图像。整个治疗过程的时间线。：疾病进展；：部分回应；：疾病稳定。方法在美国病理学家学院认证的实验室enecastiotechnologyo，有限公司中国无锡））并

反应。自然rossrefedline谷歌学中的潜在生物标志物和耐药机制在线发布：年月查看文章工具分享抽象的背景：目前，只有一小部分癌症患者从免疫检查点抑制剂治疗中受益，其原因尚不完全清楚。在免疫检查点抑制剂治疗期间监测分子和免疫学变化将有助于识别与耐药性相关的潜在生物标志物和机制，并指导后续治疗。 方法：作者报告了一名先前接受过肺鳞状细胞癌治疗的患者  该患者接受了基于atezolizumab的治疗个月。结果与结论：atezolizumab治疗前后的样本分析表明外显子插入磷酸酶和存在基因突变肿瘤免疫微环境的变化可能与免疫检查点抑制剂治疗的获得性耐药有关。外行摘要作者旨在通过监测肺鳞状细胞癌患者治疗期间的变化，找出与免疫检查点抑制剂耐药性相关的潜在生物标志物和机制。有趣烟草制品制造商电子邮件列表的是，疾病进展后观察到外显子插入拷贝数减少和突变以及细胞和巨噬细胞的变化。因此，作者认为这些变 化可能与阿替利珠单抗耐药性有关 关键词：阿替利珠单抗免疫 疗法非小细胞肺癌肿瘤微环境肺癌，其中被归类为非小 美国在线电子邮件列表 细胞肺癌），是全世界癌症相关死亡的主要原因。和抑制剂的出现通过阻断途径重新激活细胞免疫，改变了无驱动突变的的治疗格局。tezolizumab是一种工程化人源化单克隆抗抑制剂，被批准作为患者的二线治疗，无论表达如何。然而，只有一小部分患者从免疫检查点抑制剂s）中受益，并且不同人群的临床疗效存在差异。此外，对的获得性耐药频繁发生，但对其机制的研究却很少。在此，作者介绍了一

失，而正常内皮以及分散的淋巴细胞和组织细胞中表达保留。数字图。在两名患者中发现了突变。中的杂合突变，保留野生型等位基因纯合功能丧失突变，伴有野生型等位基因丧失，发生在原发进展为程序性死亡阻断的患者中。hr，染色体。数字图。在名患者中发现或扩增。每个图显示了跨染色体hr的总体分段的拷贝数对数比。报告每位患者的估计整数，并由计算。一名患者获得了持久的临床获益，八名患者中有五名的无进展生存期超过个月。 扩增最大的患者进展迅速 将或扩增患者的无进展生存曲线 与野生型患者进行比较风险比，；）。数字图。程序性死亡配体表达为的患者与表达≥的患者的无进展生存曲线风险比，；）。数字图。og比值比）和–log值）用于富集程序性死亡配体阳性与阴性中被ncob视为致癌或可能致癌的个体改变基因子组。描述了每次比较中的前个基因，并使用了错误发现率调整后的值。桌子纺织厂制造商电子邮件列表表。版本个基因）个基因）和个基因）的基因列表查看放大版本桌子表。患者的详细临床特征查看放大版本桌子表。 指标以及与下一代靶向测序的比较查看放大版本桌子表 与在纪念斯隆凯特琳癌症中心接受基于的治疗的所有患 美国在线电子邮件列表 者的基线人口统计特征查看放大版本参考选择aronizviui等人：embrolizumab用于治疗非小细胞肺癌。癌症免疫学。突变格局决定非小细胞肺癌对阻断的敏感性。歌学术eramang等人：错配修复缺陷肿瘤中的阻断。肿瘤非整倍性与免疫逃避标记物以及免疫治疗反应降低相关。等人：对连续和阻断的肿瘤活检进行的综合分子分析揭示了反应和耐药的标志物。科学翻译医：吸烟者和从不吸烟者非小细胞肺癌的基因

第个百分位数，；第个百分位数，。数字图。未患者的总生存期）。生存率是根据非免疫检查点抑制剂晚期非小细胞肺癌中肿瘤突变负荷高于或低于第个第个第个和第个百分位来显示的阶段队列n）。每个切点的风险比如下：第个百分位，；第个百分位，；第个百分位，；第个百分位数为。数字图。肿瘤突变负荷与个体肿瘤中拷贝数改变的基因组分数的散点图n；pearmanρ；）。，巨型基地。数字图。 og比值比）和–log值）用于在持久临床获益与无持久临 床获益的组比较中，nco认为致癌或可能致癌的个体改变基因的富集服装、服装制造商电子邮件列表，与非免疫检查点抑制剂非小细胞肺癌比较，与非比较。描述了每次比较中的前个基因，并使用了调整后的值。校正错误发现率后，红色标记的基因显着富集。数字图。ncorint描述了持久临床获益无持久获益和非免疫检查点抑制剂非小细胞肺癌，并包含预选感兴趣基因的扩展列表，包括致癌驱动因素参与抗原呈递的基因参与调节癌症免疫反应的基因先前报道的与程序 性死亡阻断反应抵抗相关的基因以及参与修复的基因 以浅灰色显示的基因未作为纪念斯隆·凯特林可操作 美国在线电子邮件列表 症靶标的综合突变分析）小组的一部分进行测序。，意义不明的变体。数字图。在一名患者中发现β微球蛋白突变，该突变发生在反式中，每个等位基因上有一个突变。上图显示了染色体hr上的总体拷贝数分段，垂直线突出显示了基因位置。底部图显示整数拷贝数，黑线表示总整数拷贝数，红线表示次要拷贝数。苏木精和伊红染色放大倍数，×）显示中央血管周围有大的肿瘤细胞。免疫组织化学放大倍数，×

测序。数字图，持久临床获益无持久获益。和是临床上有用的简单的二元结果，可用于对那些从免疫治疗中受益或不受益的患者进行分类。这些组的生存结果类似于定义的完全缓解部分缓解或疾病进展，同时还纳入了对疾病稳定患者是否受益者的有意义的区分。或或患者的总生存期。的生存率与的生存率密切相关，的生存率与患者的生存率密切相关。仅关注患者显示按和分层的总生存率存在显着差异。 因此，定义的是一个中间组，由“真实”获益无进展生存期>个 月）和非“真实”获益个月）组成。因此，按获益持续时间对结果进行二分法可以更明确地捕捉免疫治疗获益的主要贡献持久性），排除具有不常见短期反应的患者，并改善对定义的患者的判断，这是一个包含真正获益或获益的异质组。不是免疫疗法。数字图。不同规模的目标下一代测序面板的突变负担范围。使用纪念斯隆·凯特林可操作癌症靶标的综合突变分析木材、木材制造商电子邮件列表和基因组评估的肿瘤报告的绝对非同义错义突变计数。随着测试基因数量的 增加，绝对突变负担也随之增加和基因组中分别有个个和个半 突变的中位数；）。通过所覆盖的编码区域的大小 美国在线电子邮件列表 标准化的突变率。此校正导致每个组的突变率相似和基因组中的中位数分别为每兆碱基b和；）。数字图。持久临床获益高于或低于肿瘤突变负荷第个百分位第个百分位第个百分位和第个百分位的比例。每组中的百分比报告在每个条形上方。误差线显示百分比的。新开发银行，没有持久的回应。数字图。肿瘤突变负荷高于或低于第个第个第个和第个百分位的患者的无进展生存期。

行业电子邮件列表、高管邮寄线索、购买行业电子邮件列表、购买电子邮件数据库 随着阈值的增加而提高。一名患者携带有害的纯合原发性耐药环境中的突变，与通似乎与表达具有相似的意义，但这两个变量的组合可能最帕克癌症免疫治疗研究所；和德鲁肯米勒肺癌研究中心。关系安德鲁·普罗德科斯基没有可透露的关系尼亚姆·朗没有可透露的关系詹妮弗··跳跃股票或其他所有权：娜塔莎雷赫特曼没有可透露的关系特\ 拉维斯·霍会国家综合癌症网络阿斯利康agrisso征求建议书咨询委 员会研究经费戈里··里利咨询或咨询角色资助：诺华nst罗氏ns家具、固定装置制造商电子邮件列表t基因泰克nst武田制药nst葛兰素史克nst辉瑞nstharmaceuticalsnst专利特许权使用费其他知识产权：提交的专利申请涵盖脉冲使用厄洛替尼治疗或预防脑转移瘤nst）旅行住宿费用：诺华ovartis默沙东erckharp&ohme尼古拉斯·舒尔茨没有可透露的关系马修·赫尔曼咨询或咨询角色：百时美施贵宝默克基因泰克阿斯利康edmmune诺华杨森制药iratiherapeuticshattuckabs研究资助： 百时美施贵宝专利特许权使用费其他知识产权：提交的专利涉 及使用肿瘤突变负荷来预测免疫治疗的反应。附录 美国在线电子邮件列表 数字图。非小细胞肺癌）患者的流动。这些患者从年月到年月接受了抗程序性细胞死亡或抗程序性死亡配体治疗，并通过纪念斯隆·凯特琳可操作癌症靶点的综合突变分析进行了分析）面板如左侧所示。右侧显示了经过分析且未接受免疫治疗非免疫检查点抑制剂s）的患者。

旅行住宿费用：行住宿费用：ffymetrixonglaihen没有可透露的关系艾妮没有可透露的关系凯瑟琳··阿伯没有可透露的关系塔哈·梅尔古布没有可透露的关系杰德·沃尔乔克股票或其他所有权：星制药基因泰克tar百济神州ifeciences礼来izonaherapeutics安进中外制药daptiveiotechnologies亚盛制药杨森制药研究资助：百时美施 贵宝nst基因泰克nst罗氏nst专利特许权使用费其他知识产权： 用于治疗伴侣动物癌症的疫苗专利的共同发明人溶瘤新城疫病毒纸制品制造商电子邮件列表使用专利的共同发明人旅行住宿费用：百时美施贵宝中外制药罗氏杨森制药admon亚历山德拉·斯奈德没有可透露的关系杰米··查夫特酬金：阿斯利康咨询或咨询角色：研究资助：基因泰克nst罗氏nst百时美施贵宝nst阿斯利马克··克里斯酬金： 阿斯利康咨询或咨询角色：阿斯利康研究资 助斯·鲁丁咨询或咨询角色：默克百时美施贵宝阿 美国在线电子邮件列表 斯利康究资助··索奇没有可透露的关系迈克尔·伯杰没有可透露的关系巴里·泰勒没有可透露的关系艾哈迈德·泽希尔没有可透露的关系大卫··通常酬金：oxo辉瑞咨询或咨询角色：辉瑞oxo玛丽亚··阿尔西拉费用：nvivoscribe旅行住宿费用：nvivoscribe马克·拉达尼酬金：默克）咨询或咨询角色：国家综合癌症网络勃林格殷格翰阿法替尼靶向治疗咨询委员

行业电子邮件列表、高管邮寄线索、购买行业电子邮件列表、购买电子邮件数据库 免疫治疗研究所的成员。该研究由“抗击癌症”美国癌症协会肺癌梦想团队转化研究补助金支持。是娱乐产业基金会的一个项目。研究经费由的科学合作伙伴美国癌症研究协会管理。本材料中表达的任何观点发现和结论均为作者的观点发现和结论，并不一定反映或征服癌症基金会的观点发现和结论。 部分于年月日在伊利诺伊州芝加哥举行的美国临床肿瘤学会年 年会上发表。请参阅第页随附的社论作者贡献构思和设计财务支持数据分析和解释：所有作者手稿写作：所有作者稿件最终批准：所有作者对作品的各个方面负责：所有作者作者对潜在印刷、出版制造商电子邮件列表利益冲突的披露通过靶向下一代测序分析非小细胞肺癌患者抗程序性细胞死亡和抗程序性死亡配体阻断反应的分子决定因素以下是本 手稿作者提供的披露信息 所有关系都被视为补偿。除非另有说 明，关系是自我维持的。直系亲属，nst我的机构。 美国在线电子邮件列表 关系可能与本手稿的主题无关。有关利益冲突政策的更多信息，请参阅。希拉·里兹维没有可透露的关系弗朗西斯科·桑切斯维加没有可透露的关系康诺拉没有可透露的关系瓦利德·查蒂拉没有可透露的关系菲利普·琼森没有可透露的关系达拉·哈彭尼没有可透露的

能受益的患者。目前的研究样本量适中，这可能会限制结论的力量，特别是在考虑多个变量和亚组分析时。尽管如此，这个分析队列代表了我们机构接受治疗的总体患者群体附录表）。尽管临床结果是在某些患者中回顾性得出的，但将临床试验和接受的患者的真实临床经验纳入其中，使得结果可以在各种治疗环境中推广。最后，由于本研究在我们的机构中​​使用了单一的靶向组合，因此该分析并不试图指定获得的益处 的普遍适用的切点，而是强调了随着的增加而带来的益处增加 的趋势。由于面板的变化以及信息学方法的差异，相关的数值切点需要针对特定​​的临床情况进行特定和独特的分析。总之，鉴于显着的抗肿瘤活性，加上对肿瘤进行常规分子分析的靶向测序方法的进化学品制造商电子邮件列表步，我们确定了靶向在识别最能从中受益的患者方面的效用。我们发现，靶向测定的与测定的密切相关，与临床获益相关，且独立于表达，具有相似的预测能力。来自靶向的其他分子特征也可能会完善这些工具的预测能力。展望未来，多个正交生 物标志物，整合测序转录组学多重蛋白质表达细胞受体克 隆性和其他因素需要一起考虑，以更充分地发挥精 美国在线电子邮件列表 准免疫治疗的潜力。©美国临床肿瘤学会由纪念斯隆凯特琳癌症中心支持拨款核心拨款提供支持；征服癌症基金会职业发展奖；杰弗里·比恩癌症研究中心资助；纪念斯隆凯特琳癌症中心协会资助；斯隆凯特林研究所转移研究中心；游遍美国；路德维希癌症研究所；

的获得性耐药的情况一致。值得注意的是，一名经证实具有两次反式突变和蛋白表达缺失的患者具有持续的治疗，突变率为b。总体而言，尽管检查了数百个癌症相关基因，但我们没有观察到单个基因突变与反应或耐药之间的新关联，这可能反映出当前的靶向组合是为了识别可靶向癌基因而构建的，并且因此，可能不包括免疫治疗反应的关键遗传决定因素。然而，由于这些面板可以很容易地进行修改， 以包括额外的探针来扩大所调查的遗传景观例如，面 板已从开始时的个基因增加到目前的个基因），因此未来的努力包括石油制造商电子邮件列表与免疫基因组学专门相关的基因很可能会取得丰硕成果。此外，继续强调和全基因组测序等方法以进行持续发现也很重要。对作为检查反应预测因子以帮助临床决策的前瞻性工具的批评之一是，它没有针对常规临床实践进行优化。相比之下，使用靶向来指导治疗已变得越来越常规，特别是对于肺癌患者。此外，与最近对同一患者肿瘤进行靶向和分析的报告一致，我们发现， 通过靶向量化的与通过量化的密切相关 ，并非所有 组合都适合估算；特别是，在使用较小的面板时可 美国在线电子邮件列表 能需要小心。最近的一份报告描述，在基因组覆盖度b的面板中，目标确定的的准确性会降低。尽管和作为反应的预测生物标志物在整个系列中具有一致的相关性，但两者都不是完全敏感或特异性的。我们发现和表达是自变量，两者都与之前所见的益处相关。

导介导的获得性耐药的情况一致。值得注意的是，一名经证实具有两次反式突变和蛋白表达缺失的患者具有持续的治疗，突变率为b。总体而言，尽管检查了数百个癌症相关基因，但我们没有观察到单个基因突变与反应或耐药之间的新关联，这可能反映出当前的靶向组合是为了识别可靶向癌基因而构建的，并且因此，可能不包括免疫治疗反应的关键遗传决定因素。然而，由于这些面板可以很容易地进行修改， 以包括额外的探针来扩大所调查的遗传景观例如，面 板已从开始时的个基因增加到目前的个基因），因此未来的努力包括与免疫基因组学专门相关的基因很可能会取得丰硕成果。此外，继续强调和全基因组测序等方法以进行持续发现也橡胶塑料制造商电子邮件列表很重要。对作为检查反应预测因子以帮助临床决策的前瞻性工具的批评之一是，它没有针对常规临床实践进行优化。相比之下，使用靶向来指导治疗已变得越来越常规，特别是对于肺癌患者。此外，与最近对同一患者肿瘤进行靶向和分析的报告一致，我们发现， 通过靶向量化的与通过量化的密切相关 然而，并非所有 组合都适合估算；特别是，在使用较小的面板时可 美国在线电子邮件列表 能需要小心。最近的一份报告描述，在基因组覆盖度b的面板中，目标确定的的准确性会降低。尽管和作为反应的预测生物标志物在整个系列中具有一致的相关性，但两者都不是完全敏感或特异性的。我们发现和表达是自变量，两者都与之前所见的益处相关。

中的增加与生存率之间不存在正相关，因此我们证明的作用是预测性的，而不是预后性的。事实上，在没有的情况下，高患者的生存率更差，尽管一直是生物标志物研究的主要焦点，但其他分子特征也被假设会影响临床获益的可能性。最近显示，非整倍体会降低黑色素瘤患者对免疫治疗的反应。这些报告主要集中于接受治疗的患者，并假设非整倍性与细胞毒性免疫浸润的存在呈负相关，这可能随后导致这些患者的生 存结果不佳 同样，我们发现从获益最少的患者中最高  尽管存在这种负相关关系，但和之间存在适度但正相关的关系，这与之前石材、粘土、玻璃制造商电子邮件列表的报告一致。鉴于支持非整倍性的数据越来越一致，并且缺乏对的反应，需要开展更多工作来探索其与相互作用的潜在机制及其影响。除了和等汇总指标之外，我们还研究了特定基因改变对获益的影响。在无偏分析中，很少有其他基因与和显着相关。突变在患者中代表性不足，这可能与突变与从不吸烟者以及由此导致的低相关。在当前数据集中还发现了其他可操作 的肺癌突变表 需要进一步的分析来阐明免疫疗法的活 性以及是否与这些患者同样相关。的变更也与缺乏益 美国在线电子邮件列表 处有关，这与最近描述的小鼠模型和具有改变的人类肿瘤中的低肿瘤炎症的报告一致。我们还探索了先前据称会影响反应的具体改变。例如，和的扩增与超进展相关，尽管在当前队列中没有发现这种情况。另外，和的改变被描述为介导接受阻断治疗的黑色素瘤患者的获得性耐药。尽管我们的研究并非旨在检查获得性耐药性来自的选择性压力可能会增加这些变异的频率），但我们发现

行业电子邮件列表、高管邮寄线索、购买行业电子邮件列表、购买电子邮件数据库 表达≥。与之前的报告一致，表达与改善相关，v≥；，；；附录图，仅限在线）。和之间未发现相关性pearmanρ；；图）或和pearmanρ；；图）。作为连续变量，和对的可能性具有相似的预测影响，；，；图）。当被视为复合变量时，具有高大于组中位数）和阳性≥表达）的患者的率为，而仅存在一个变量或两个变量均不存在与率较低图）。我们还评估了个体改变基因的突变是否与表达相关分层为≥v； 附录图，仅限在线 是阴性队列中最富集的基  不具有统计学意义调整后的）。数字图程序性死亡配体表达与肿瘤突变负荷和拷贝数改变基因组分数的比较。和表达的散点图。与表达百分比不相关n；pearmanρ；）。点代表单个肿主要金属制造商电子邮件列表，线代表最佳拟合。与表达百分比的散点图。和表达之间不存在相关性n；pearmanρ；）。点代表单个肿瘤。不同水平下持久临床获益敏感性与特异性的受试者操作特征曲线曲线下面积，；）和表达，）。结果仅描述了那些具有和可用数据的患者n。直方图描绘 了由复合变量定义的组中患者中的比例在中位数之上 和之下分层为低与高）和表达分层为或≥组为低 美国在线电子邮件列表 v高）。发生率在两个变量均较低的患者中最低，在一个变量均较高的患者中发生率中等至），在两个变量均较高的患者中发生率最高）。误差线显示百分比的。，巨型基地。讨论选择据我们所知，我们描述了迄今为止最大的系列，以探索反应的分子决定因素，以及第一个系列，以评估源自靶向的分子特征在确定抗反应或耐药性中的作用。晚期患者的基础治疗。通过靶向评估的与接受治疗的患

表性明显不足调整后的附录图，仅限在线）。与非组相比，组的显着富集调整后的）。数字图与免疫治疗反应和耐药相关的基因。ncorint描述了持久临床获益和无持久获益组中预选感兴趣基因的变化。报告的频率包括所有组中每个基因的所有改变的组合单核苷酸变异插入缺失融合扩增缺失）。基因改变的预测功能影响在nco或未知意义变异中被描述为已知。顶部每个病例的摘要行包括注释，说明样本是在免 疫检查点抑制剂治疗开始之前还是之后获得突变兆碱基 直方图）插入缺失b直方图）拷贝数分数的频率基因组改变；最低到最高，白色到深红色）吸烟和突变谱。我们还研究了与抗原呈递相关的基因改变对免疫治疗反应的普金属加工制造商电子邮件列表遍性和影响图附录图，仅限在线）。最近，编码基因的截短突变以及和的有害突变已被确定为导致黑色素瘤抗治疗产生原发性和获得性耐药的机制。 在当前队列中，可能有害的突变很少见 仅发生在一名具有 反式突变且具有不确定意义的突变的患者中，并且通 美国在线电子邮件列表 过检测发现肿瘤细胞中表达缺失附录图，仅限在线）。截至年月，该患者对已持续个月的治疗取得了早期缓解。中的突变也不常见n，只有一个肿瘤具有纯合有害突变一个等位基因上的功能丧失性剪接突变与杂合性丧失配对；附录图，仅限在线）；该患者患有。最近，据报道，接受治疗的患者接受抗疗法后出现超进展，并且与扩增相关。在当前系列中，在名患者中发现了扩增附录图，仅在线）

相比更大；中位数，vs个单核苷酸变异兆碱基b；），并且在同缓解部分缓解与疾病稳定与疾病进展；中位数，vv个单核苷酸变异b；）。显示未接受免疫检查点抑制剂治疗的非小细胞肺癌患者中的分布，以供参考。患者的与患者相似，并且非患者的更高，）。箱线图表示中位数四分位数范围，垂直线延伸至第个百分位数。个别患者的用光点表示。随着，），），）和，）百分位数增加的切点，的优势比）。 显示百分位白色条）以供所有患者参考默认 的几率显着 高于的第个百分位。在阈值增加时，每个百分位数以上的个体无进展生存期的aplaneier曲线。接受抗程序性细胞死亡或抗程序性死亡配体治疗的患者中，随的增加而增加。与中拷贝数改变的基因组的分数中位数，v；）以及与与中位数，vv；）。与非患者相比，在或患者中丰富分别为和）。我们研究了切点的增加如何影响治机械、计算机设备制造商电子邮件列表疗的率和率。当分层为增加的四分位数时，和率随着的增加而提高图）和一维）；高于第个百分位的患者与低于第个百 分位的患者相比，率和有所改善率，vs；附录图，仅在线；， ；附录图，仅在线）。队列中前十分之一的患者的和率 美国在线电子邮件列表 也有所提高图）和一维）。相比之下，未接受免疫疗法治疗的晚期患者的生存结果与的增加无关。事实上，与生存率之间存在负相关关系附录图，仅限在线）。此外，患者的最低，患者的显着高于非患者中位数，v；；图）。值得注意的是，尽管与反应呈负相关，但与呈适度但显着的正相关附录图，仅限在线）。与免疫治疗反应和耐药相关的基因改变接下来我们评估了单个基因的突变是否与治疗的反应或耐药相关。首先，我们检查了中常见致癌驱动突变的频率及其与治疗临床获益的关系。突变很常见n），与整个

异。费舍尔精确检验用于比较比例。对于生存分析，使用对数秩检验比较aplaneier曲线，并使用antelaenszel检验计算风险比。通过斯皮尔曼等级相关系数检查相关性。通过生成曲线下面积来评估绘制连续变量的敏感性和特异性以及率的受试者工作特征曲线。通过绘制log优势比）与log的关系图，对各个组内改变基因的频率富集进行无偏分析。isher精确检验值）。报告了按值增加排序的前个基因，在校正突出 显示的错误发现率后具有显着关联 所有报告的值都是双向的。 所有统计分析均使用版本软件wwwrprojectorg进行。结果选择与免疫治疗益处相关的突变负担和体细胞分子特征自年以来，名患者在接受了单独的抗治疗或联合抗治车身、零件、附件电子邮件列表疗，其中例已通过进行了分析。其中，例分子分析中的，所有接受治疗的患者中的）可通过放射学评估疗效，并纳入本次分析。当前患者队列的人口统计学特征表）与接受抗治疗的整个患者组相似附录表，仅在线）。名患者达到；人接受过。中位数为b范围为至b）。 桌子表患者特征查看放大版本为了确定靶向是否能够准确 定量中的，我们比较了一部分患者中通过和定量的。 美国在线电子邮件列表 在同时采用靶向和进行分析的患者n中，靶向评估的与评估的高度相关pearmanρ；；图）。通过使用靶向的数据，患者的高于中位数为vb；），并且患者与患者和患者相比中位数为vvb；；图）。数字图。。与免疫治疗反应相关的体细胞分子特征。通过靶向下一代测序评估的肿瘤突变负荷与通过全外显子组测序评估的相关；n，pearmanρ；）。单个肿瘤显示为点。该线描绘了最佳

区域中包含假定的连接 一代测序技术进行基因组变异检测领域所使用的典 序的reads之外，每个spike-in转录本序列都 基因组的号染色体中提取了包含万个碱基的长序列 召回率排名第二；然而，它的准确性是最 使用包含indel的数据集测量了ubread、owtie、和ovoalin的运 读取必须具有正确的字符串。在此模拟中，我们还 并且对于具有中到低 的读取，报告的错 测器所提出的种子和投票映射范例已 被证明在 法检测外显子-外显子连接点的召回率和准确 的差异已知的外显子。发现ubjunc在每种样本类型的 的百分比）。样品是由个癌细胞系组成的通 识别定位位置有效，而且对于检测插入缺失和 计算机就有数百的内存，笔记本电脑现在可以 中使用最广泛的算法之一（）。它还利用了种子和扩展范式， 数，ubread产生的结果与其他飞机、发动机、零件电子邮件列表比对器相同或 近万例癌症死亡（万例，不包括非黑色素瘤皮肤癌） 一些因素与社会经济发展有关。癌 … More 的连接位置和锚位置 左侧的 →

变得越来越重要， 国家相比，转型国家中男性的比率较高，但女性的比率相当（图） 率是世界上最高的）、南部非洲和中非的发病率有所 入国家实施了国家疫苗接种计划，而高收入国家的比例则超过 %。一项建模工作预测，实施这一策略将在下个世纪避 状腺病变进行大规模检测和诊断。在女性中，过度诊 一代出生队列的影响。据报道，自年至年 菲律宾、白俄罗斯、新加坡、 印度、白俄罗斯 尽管癌症负担在所有人类发展指数水 平上都大 国家提供癌症护理对于全 型细胞的证明仍然难以捉摸。基底上皮细胞位于小鼠气造船造船电子邮件列表和人 性小鼠进行开胸手术，用液氮冷却的钢探针损伤至mm lara细胞-k分泌蛋白[]和上皮细胞氯离子通道[囊性]的基 肺干细胞的分裂干细胞分裂有对称性和不对称性。在对称分裂 种表达、或的子细胞和一种保留干细胞表型的子细胞。然而， 管、肺泡和肺血管，部分恢复了受体实质的结构完整 的整合冷冻损伤和克隆人肺 干细胞递送后至天， … More 的癌症预防措施并在转型 →

对来确定。在()中，沿着未覆盖的碱基移动bp窗 向的染色体位置表示它们将映射到的染色体位置如 果它们之前不存在indel。d是插入/缺失长度，等于同一子读中红色箭头指向的位置与黑色虚线较高的映射灵敏度，但精度较低（表）。我们的目标是 插入缺失检测方法，且计算他预先确定的基因组特征。样本(–)。在我们自己的生物 学研究中，我们经常使用映射到每个基因外 显 子组的总读取计数进行差异表达分析，或使用按基因 部分工具分享抽象的本文使用国际癌症研究机 看器中打开微软幻灯片软件()级人类发展指数()和() 下使用模型死亡率与发病率之比。中提供了种癌汽车经销商、汽油服务电子邮件列表 于男女合计而言，预计年一半的病例和%的癌症死亡 这些地图揭示了全球主要癌症类型的巨大多样性，特 险，年龄-岁，%年龄标准化率（世界）累积风险，年 新西兰的每人例到西非的每人例（ 表 ；在女性中， 最高年龄标准化发病率和死亡率 癌年龄标准化发病率。发病率按世界 件年按性别分 美国在线电子邮件列表 列的唇癌和口腔癌各地区年龄标准化发 … More 资料来源 分的地区甲状腺 →

开销非常小。首先考虑两 加了%。动态编程程序还报告了该数据集中%的包含indel 其映射到参考基因组。选择每次读取中获得两个最大票 如果在这两个位置之间找到供体和受体位点，并且 （即论坛⁠)，如果它被称为结点读取。青色虚线表 （号染色体上的），因为该距离等于读段 连接位置 列表 那些由第一次扫描报告但在第二次 内存（）子 读（默认）子读（低内存）领结世成功映射的读取百分比、abema程序给出的归一化发现间隔 组个掺入转录本与和合并以制备混合和混合样本。这些刺 wtie之外的任何其他比对器映射更多的读数，但o制造电邮清单wtie的准确 缺失的性能。横轴给出了累积删除大小。对于每种尺寸，将具 回收率(%)百分比(%)回收率(%)百分比(%)副读()()领结世界银 被称为正确映射的读取必须具有正确的字符串。 召回率。图 对准器的召回率和准确性 和(c)给出了 基因，并 … More 界银行马克诺沃利法斯特夫人列给出了 →

曙红染色切片，与图相关下载pdf帮助处理pdf文件数据。全基因组标度对称（即，将至的标度调整为至同的功能可能归因于细胞类型、肿瘤异质性或其他 抑制乳腺癌细胞生长[]。针对lnc的反义寡核苷酸在结直 粒瞬时转染至细胞中。si、序列和质粒信息 列于补充表和 细胞周期分析和膜 联蛋白-测定对于细胞周期分 泛素()探针一起孵育或用ase（ug/ml，°，分钟）孵育的样品用作阴性对照，以尽量减少潜在的背景。’-生物素化的聚体反义寡核苷酸列于补充表中。序贯免疫荧光和sm测定细胞在 )零售电子邮件列表细胞用ml注射器经皮注射到左侧胸腔，位于-周龄 略很敏感，因 为不需要单独的子读取精确映射，也不需 子-外显子连 接。我们的子读策略可以被视为更灵活 测序中 美国在线电子邮件列表 心于年月使用lluminaenomenalyzer测序仪进行 。基检出错误引入测序错误。使用的插入缺失率为。对于aons和rt的所有其他参数，均使用默认值。使用的ason和rt版本分别为和。掺入控制数据mbion（文本注册）外部对照联盟()掺入 索引为了建立索引，从参考基因组中每三个碱基提取bp序列，即 图。种子和投票映射范例。

者提供新的治疗策略和靶点，具有广阔的研究前景。这项研究且可以通过实时荧光定量可靠地测量基因表达。因此，s中焦亡相关分子的表达作为分子标记，理论上可能具有更高的诊断价值。 性化靶向治疗的可靶向突变基 原发性肺癌和脑寡聚转移的基因组谱和肿瘤免疫微环境hengboong杨凌细胞死亡服装和配饰店电子邮件列表与疾病体积文章编号：）引用本文访问次引用替代计量法指标细节抽象的脑转移）是肺癌中常见的恶性事治疗技术的发展，患者的预后得到延长。用于表皮生长因子受体突变和间变性淋巴瘤激酶重排 的酪氨酸激酶抑制剂，通常用于指导原发性肺肿瘤个 因，对此外，将贝伐珠单抗添加到各种化疗药 美国在线电子邮件列表 物或厄洛替尼中用于患者的显示安全性和中枢神经系统出血发生率低。或​​抑制剂的免疫疗法是晚期肺癌患者普遍接受的治疗选择，无论是作为单一药物还是与化疗联合使用。在一线试验和二线试验中，亚组中接受免疫治疗的患者比接受化疗的患者表现出更长的总生存期。最近的一项期试验报告称，pembrolizumab对表达至少的具有活性，并且在选定的未经治疗患者中是安全的。基因组和免疫谱的表征有助于为的精准治疗提供更好的理解基础。最近发表的基因组表征证明了的

测序ircos图，与图和相关在数变化显示为ircos图。染色体首尾相连地环形排列，每条染色体的细胞带标记在外环上。内环显示从全基因组测序推断的拷贝数数据。在圆圈内，重排显示为弧线，其中紫色为染色体内事件，绿色为染色体间易位。下载pdf帮助处理pdf文件数据。所有个肺癌肿瘤样本的拷贝数变异的合成图，与图和图相关拷贝数估计值是使用我们内部的bamcna工具从参考基因组中,个连续kb窗口的全基因组中得出的（请参 阅扩展实验程序 对于种肺癌中的每一种，根据染 色体位置绘制了拷贝数差异值（肿瘤正常）。拷贝数扩增和缺失以“热图”模式着色（黄色、橙色和红色表示扩增，浅蓝色、中蓝色和深蓝色表示删除）。表意文字数据文件是从基因组浏览器建筑、五金、花园经销商电子邮件列表数据库中获得的，用于识别对应于每条染色体着丝粒的坐标。为了避免显示由重复区域中的作图偏差引起的伪影，将kb的侧翼添加到每个着丝粒区域，并将所得区域从分析中屏蔽（在图中以紫色表示）。每个面板（每个案例一个面板）的拷贝数差 异值绘制在y轴上，相对于x轴上的染色体位置 肿 瘤和正常之间没有变化）在每个图中用水 美国在线电子邮件列表 平虚线标记。出于显示目的，修改了y轴刻度。首先，拷贝数增益的上限为，拷贝数损失的下限为。然后，将负值（缺失）的标度重新调整为与正值使用的标度对称（即，将至的标度调整为至）。肿瘤和正常之间没有变化）在每个图中用水平虚线标记。出于显示目的，修改了y轴刻度。首先，拷贝数增益的上限为，拷贝数损失的下限为。然后，将负值（缺失）的标度重新调整为与正值使用的

oshuacichael在图形准备方面提供的帮助。我们还感谢华盛顿大学癌症基因组计划和斯特曼癌症中心的支持。入藏号本文报告的seq数据集的登录号正在等待中。在数据可用之前，读者可以问数据。试。索玛雅和西蒙，）。本报告的补充材料经过人工审查，通过首先使用的ntrezene定 义的基因名称组（官方基因名称 ，而在个肺癌样本中包含个错义、个无义和个移码缺失。最后，肿瘤抑制基因和癌基因在我们的个肺癌样本中均表现出两个错义，并且在肺癌数据集中杂货店电子邮件列表也都具有个错义和个剪接位点突变。致谢我并解析为包含个靶点、种药物以及药物与靶点之间种不同相互作用的数据库。 们感谢基因组研究所的以下小组在这项工作中所做的奉 献：生产组负责序列数据的生产和处理，和故障排除，分析管道组负 美国在线电子邮件列表 责开发自动化序列分析管道，小组负责开发管理样品和测序的工具和软件，系统小组负责提供测序和分析所需的基础设施和解决方案。我们感谢anieloboldt在肿瘤克隆分析方面提供的帮助，感谢ikeendl在通路分析方面提供的帮助，感谢osheck在手稿准备方面提供的帮助，以及

以及所有替代基因名称）将两个列表中的基因名称映射因融合体，但可能无法可靠地检测到或仅产生嵌合体。拷贝数分析所有nsembl基因的拷贝数值是在逐个基因的基础上确定的。首先，我们的内部算法bamcna（未发表的数据）用于通过检查肿瘤和正常文件的读取深度值来识别全基因组范围内的拷贝数变化。从肿瘤和正常基因组中提取kb非重叠窗口 到官方基因符号，将药物基因数据库的基因与我 们的改变基因列表相交。我们将个病例的结果与个肺癌样本的突变列表进行了比较，并看到许多证据来证实我们在手稿的显着突变基因分析部分中强调的新基因癌症基因组图谱研究网络，）。使用数据集，我们还能够验证在我们的研究中发现的低家居家具、设备商店电子邮件列表水平但未超过当前阈值的其他感兴趣突变的重要性。该组包括（与囊性纤维化相关）、（治疗靶点）、抑癌基因和癌基因等基因的突变。关于我们的列表，我们报告了基因中的个错义突变（在/个样本中），而肺癌数据集包含该基因中的个错 义突变、个无义突变和个移码缺失。我们报告了中的两个 移码缺失，而肺癌突变数据包含该基因中的个非同义突变。尽管我们报告了基因中的个错义、个无义和个移码插入，但肺癌数据集在中显示了个错义和个剪接位点（和个沉默）。至于其他感兴趣的基因，囊性纤维化基因在我们的个样本中包含 美国在线电子邮件列表 个错义突变和个无义突变，但在数据集中包含个错义突变和个剪接位点突变。在我们的数据集中同样具有个非同义突变（全部错义）

中可靠映射的读数（映射质量>）的数量，并用于计算每个kb窗口的拷贝数差异。有转录本的外部坐标来确定与每个nsembl基因相关的基因组区域。然后确定与每个基因区域重叠的窗口，并使用平均差异值（肿瘤正常）作为基因拷贝数差异的估计。如果平均差异值大于，则认为基因被扩增；如果差 异值小于，则认为基因被删 使用我们的内部工具“iew ”生成每个病例的拷贝数差异的全基因组可视化。使用athcan进行通路分析通过athcan软件对队列进行路径分析（温德尔等人，），作为ui包的一部分运行（迪斯等人，）。输入包括在数据集中验证的,个一级体细胞和个一级体细胞插入缺失，食品店电子邮件列表以及从通路数据库获得的通路定义（金久等人，）。可药物基因组分析我们通过检查、nel、和基因表达输出的组合，确定了肺肿瘤队列中体细胞改变的潜在治疗基因靶点。首先在四种改变类别或“事件类型”之一中鉴定出一组可能成为目标的基因：非沉默、框内插入缺失、拷贝数扩增基因和“过度表达”基因。如果一个基因在 肿瘤和正常之间具有个或更多拷贝的拷贝数增益，则该基 因被认为是拷贝数扩增的。如果某个基因的值位于肿瘤内所有基因的前个百分位数内，则该基因被视为过度表达。在一个或多个肺部病例中具有一种或多种类型改变的所有基因都被添加到潜在可药物基因列表中。在这项分析中，我们选择了分 美国在线电子邮件列表 子靶向药物和生物疗法，这些药物和生物疗法目前正在正在进行的肺癌治疗临床试验中进行评估，或者之前已经针对肺癌进行过测

进一步解决了潜在的模糊位点。插入缺失小插入缺失大小为bp的推定插入缺失被转换为格式，并作为ndelealigner算法的目标间隔提供（德普里斯托等人，麦肯纳等人，）。使用这组目标间隔独立地重新对齐肿瘤和匹配正常的文件。为了验证原始预测，我们开发了一种匹配算法，尝试将arcan验证调用与原始indel预测进行匹配。具体来说，该算法搜索相同类型（插入或删除）和相似大小（bp以内）的经过验 证的插入缺失 为了允许间隙比对中的差异，该算法允许 在稍微不同的基因组位置上进行匹配，只要经过验证的插入缺失映射在原始预测的指定间隔（插入缺失大小bp）内即可。使用综合基因组查看器在重新对齐的餐厅电子邮件列表文件中手动审查肿瘤样本中报告为“体细胞”的匹配插入缺失（罗宾逊等人，）。中等插入缺失数据的融合检测和验证使用himeracanv的默认参数进行融合检测（艾耶等人，,解除保险丝麦克弗森等人，）和断裂融合（陈等人，）。对于每个程序，转录组读数都被映射到人类基因 组（版本） 了提名一组高置信度的基因融合体，每个 程序的预测都与匹配的全基因组测序提名的结构变异相交 美国在线电子邮件列表 叉。由于seq基因融合提名提供了参与融合连接的外显子，因此我们预计基因组断点位于相邻的内含子区域内。因此，如果融合连接的外显子坐标位于基因组断点的kb范围内，则认为seq嵌合体已通过正交验证。由于单个融合可能代表每个患者的关键突变，因此我们选择了kb的保守阈值，以确保我们能够检测相应的基因组断点，尽管具有较大的内含子区域。除了正交验证的基因融合之外，我们还根据每个

填充口。装载后，气口处暴露的样品。然后用端口密封件封闭两个端口（imbleen，麦迪逊，威斯康星州）。然后关闭杂交室夹具，将混合面板设置为混合模式，杂交后，将阵列混合器拆卸到含有ml预热imbleen洗涤缓冲液°的储存器中，然后进行后续洗涤，以尽​​量减少非特异性残留。这些洗涤包括：将mlimbleenashuffer预热至°，以每秒次翻转的速度翻转洗涤管次，使用预加热连续两次洗涤加热至°， 以每秒次翻转的速率翻转次，并在°下孵育分 钟，mlimbleenashuffer在室温下，以次翻转的速率翻转分钟mlimbleenashuffer在室温下，以每秒次反转的速率反转分钟，以及mlimbleenashuffer在室温下，然后将阵列置于洗脱系统（imbleen，麦迪逊，威斯康星州）中，并用洗脱室（imbleen，麦迪逊，威斯康星州批发电子邮件列表）覆盖。通过添加μl氢氧化钠并在室温下孵育分钟，从探针阵列中释放捕获的文库片段。将洗脱液从洗脱室中移出，通过将材料分入两管（约μl）中进行中和，其 中含有μl乙酸的μl缓冲液最后使 用inlut进行纯化柱（，日耳曼敦，马里兰州）。捕获的在 美国在线电子邮件列表 malpurity,–pvalue,–somaticpvalue,–validation根据肿瘤和正常中每个预测变体位置的等位基因频率和读数支持参考和变体等位基因，arcan将每个假定的体细胞事件分类为参考（野生型）、种系、体细胞或（科博尔特等人，），仅保留体细胞突变用于下游分析。这些经过验证的体细胞突变被进一步过滤，以消除由链特异性伪影、读段位置伪影或映射不良的读段支持的假阳性。

头。将接头连接的样品用μlmrislp洗脱。llumina文库扩增使用nllumina双端寡核苷酸’和’在husionigh中制备扩增预混液含的idelityasterix缓冲液（新英格兰生物实验室，贝弗利，马萨诸塞州）。每个样品使用μl连接接头的在μl扩增预混液中制备四个反应，扩增，然后进行轮扩增：°，秒、°、秒和°、秒。扩增后，我们使用两个分离程序富集bp范围内的片段。首先，为了去除>bp的片段，我们添加了。 倍体积μl的mpure珠子在室温下孵育分钟，使与珠 子结合。然后固定珠子，吸出上清液并转移至第二次分选溶液中，用于去除小于bp的片段。我们将μlmpure珠子等分到新的ml微量离心管中，将珠子溶液在上孵育分钟，吸出并弃去上清液。对于结合的珠子，我们将额外倍体积的mpure珠子与电视和无线电广播电子邮件列表上的现有珠子混合，创建第二个上浆溶液。将上清液与第二分选溶液一起孵育分钟后，使用结合珠子，吸出上清液并丢弃，留下 涂有bp片段的磁性颗粒。用μl乙醇洗涤珠子两次，风干并用μl无核酸 酶水（mbion，ustin，）洗脱。然后在anorop分 美国在线电子邮件列表 光光度imbleen，麦迪逊，威斯康星州）通过将阵列面朝上放置在精密混合器对准工具（）（imbleen，麦迪逊，威斯康星州）中来制备。将imbleen混合器卡入顶部，并移除粘合垫圈。关闭，同时将混频器与阵列对齐。将阵列置于imbleen杂交系统（imbleen，麦迪逊，威斯康星州）中，并使用带有吸头的icroman移液器（吉尔森，米德尔顿，威斯康星州），将μl杂交溶液装入

复缓冲液ucigenorp,adison,中，并在icroube×mm、带有napap管的iberovaris中片段化使用ovaris超声仪（ovaris,ncoburn,）。裂解条件为μl反应体积并在°下进行。使用两次连续的秒声学处理将参数设置为扫频模式：占空比，强度，周期/突发。通过立即添加μl对片段进行末端修复将erminator末端修复酶 混合物ucigenorpadison,加入icroube中，并在室 温下孵育分钟。通过向末端修复反应中添加μl（样品体积）ure珠子（gencourtioscience，everly，），使用固相可逆固定化纯化末端修复反应，使与珠子结合。然后将珠子固定在磁性颗粒收集器（；nvitrogen，卡尔斯巴德，加利福尼亚州有线电视、付费电视服务电子邮件列表）上，用μl乙醇洗涤两次，并风干分钟。通过添加μlmrislp释放片段。然后将珠子固定在磁性颗粒收集器（；nvitrogen，卡尔斯巴德，加利福尼亚州）上，用μl乙 醇洗涤两次，并风干分钟。通过添加μlmrislp释放片 段。然后将珠子固定在磁性颗粒收集器（；nvit 美国在线电子邮件列表 rogen，卡尔斯巴德，加利福尼亚州）上，用μl乙醇洗涤两次，并风干分钟。通过添加μlmrislp释放片段。末端修复的片段在lenowexo（ewnglandiolabs，orcester，）存在下用m脱氧腺苷三磷酸加尾，°分钟。每个μl反应物与μlure珠子混合，如上所述（gencourtioscience,everly,）。在μlmrislp中洗脱。在快速连接酶缓冲液和,快速连接酶（新英格兰生物实验室，伍斯特，马萨诸塞州）存在下，按照制造商方案（

评估每个图，峰的数量。拷贝数中性或二倍体区域。这些簇可用于估计每个肿瘤中存在的克隆和亚克隆的数量和相对组成。仅显示拷贝数中性数据图显着突变基因分析显着突变基因的确定如下迪斯等人，表中列出了每个案例进行验证的。对于小插入和，目标区域恰好位于变体中心的bp处。对于小删除，选择删除的序列加上删除两端侧翼的bp序列。对于假定的体细胞，我们要求探针平铺在预测的断点上，并在这些位置的两侧各有bp的侧翼序列。 对于较大的插入，需要单个区域，但对于易位 、删除和倒位，我们请求两个目标，一个用于事件每一侧的断点。ocheimbleen设计参数允许探针在基因组其他位置具有最多五个额外的序列匹配。突变预测的固相捕获验证llumina文库是根据制造商的方案lluminanc,aniego,从全基因组扩增样本μg通讯邮件列表构建的，并进行以下修改：使用ovaris超声波仪ovaris,nc沃本，马萨诸塞州）。片段大小范围在至bp之间。llumina接头连接的在单次μl中扩增五个循环。使用固相可逆固定化珠净化 来纯化并选择bp片 根据制造商的方案（imbleen，麦 迪逊，威斯康星州），将一微克大小分级的llu 美国在线电子邮件列表 mina文库与imbleen阵列上合成的探针组杂交。°杂交小时后，将阵列从杂交站中取出，清洗，使用q试剂盒（iosystems，oburn，）完成llumina文库定量。q结果用于确定在lluminax的单个泳道上产生,个簇所需的文库数量。为每个捕获的样品生成一条bp双端数据的泳道。用于固相捕获验证的双端文库制备将基因组ng送往进行全基因组扩增,ermantown,。全基因组扩增样本μg悬浮于erminator末端修

个未比对碱基、≤替换、≤插入缺失和rossatch分数>。需要支持的读取来跨越重叠群上的断点，比对到>碱基，并且与上述最小比对标准的参考没有比对。支持读数分别在肿瘤和正常样本中制成表格，并对这些计数应用isher精确检验以确定每个变体的体细胞状态。对于通过所有其他标准视为体细胞的那些调用，将用于确定支持读取的相同方法应用于比对数据。正常样本中具有任何支持的读数的变体均被过滤掉， 作为潜在的种系变体或比对伪 使用额外的过滤器来 删除序列，并根据支持捕获验证数据到跨越断点的组装重叠群的映射来手动审查剩余的高置信度事件。使用肿瘤变异等位基因频率的核密度估货运代理经纪人电子邮件列表计来鉴定肿瘤的克隆结构使用来自捕获验证数据的深度覆盖位点的突变等位基因频率来确定肿瘤克隆性估计。为了最大限度地减少覆盖率对等位基因频率估计的影响，该分析中仅包括正常和肿瘤验证数据中覆盖率>倍的突变。如果体细胞源自包含数据中确定的拷贝数改变的区域，则将其排除。  用于全基因组测序数据，以消除所有调用 对于每条染色体，在正常样本的变异等位基因 美国在线电子邮件列表 频率落在和之间的位点绘制了肿瘤和正常样本的变异等位基因频率。肿瘤样本中变异体经常表现出高度可变的变异等位基因频率的染色体被排除在克隆性分析之外。因此，仅选择一些二倍体染色体来代表该分析的每个样本。剩余的根据cnv预测的分段拷贝数状态（拷贝数状态等于、或）进一步分离，并单独分析每个拷贝数状态。对于肿瘤中的每个拷贝数状态，使用中的密度函数绘制肿

四个样本中：三个来自吸烟者，一个来自从不吸烟者（数据）。从不吸烟者（）肿瘤基因组的特征是广泛的染色体破坏，这与染色体碎裂一致。斯蒂芬斯等人，）。我们在肿瘤基因组中鉴定了号染色体和其他染色体之间的个经过验证的染色体间易位事件，其中大多数事件将q染色体的远端与、、和号染色体上的各个位置连接起来。拷贝数改变通常同时发生具有易位断点，这与之前描述的染色体碎裂事件一致。 我们没有在该肿瘤中发现任何突变，尽管据报道涉及 基因的突变与染色体碎裂有关。劳施等人，）。我们还分析了肿瘤基因组中的新型融合基因，这是一个在治疗上非常令人感兴趣的领域，最近发现了非小细胞肺癌中涉及激酶基因、和的新型融合。竹内等人，）。通过结合全基因组和转货运代理经纪人电子邮件列表组测序，我们能够系统地识别和验证融合基因。三种不同的算法，himeracan艾耶等人，,消除麦克弗森等人，和reakusion陈等人，），用于从转录组测序数据中识别融合基因。然后通过分析全基因组测序数据来正交验证高置信度融合。基于此分析，我们确定了个高置信度融合 （表和扩展实验程序）包括中的框内新型融合和 所有接受全基因组测序、标准冰冻切片、苏木 美国在线电子邮件列表 精和伊红&染色的肿瘤组织，并进行组织学检查，以评估每个病例的肿瘤细胞结构、组织坏死百分比和其他显着的组织学特征（参见表）。肿瘤源自紧邻参考&切片的连续微米组织切片。对于每个病例，选择的样本在参考&切片中至少含有的肿瘤细胞核。llumina文库构建和测序描述的过程马迪斯等人，数及其映射在结构变异断点,bp内的配对均通过rossatch（版本）与组装的重叠群和

和进展很重要。案件性别吸烟状况显性/次要克隆肿瘤纯度（基于显性克隆）肿瘤纯度（基于hr）克隆状态卢克男性轻度吸烟者单克隆卢克女性吸烟者/不适用双克隆卢克男性吸烟者单克隆卢克女性从不吸烟者不适用单克隆卢克女性从不吸烟者/不适用双克隆卢克女性吸烟者不适用单克隆卢克女性吸烟者/不适用双克隆卢克男性吸烟者/双克隆卢克男性从不吸烟者单克隆卢克男性吸烟者单克隆卢克男性吸烟者/ 双克隆卢克女性吸烟者 不适用双克隆卢克女性从不吸 烟者/不适用双克隆卢克女性从不吸烟者/不适用双克隆卢克女性吸烟者/不适用双克隆卢克男性吸烟者/双克隆卢克女性吸烟者不适用单克隆在新选项卡中打开表格图缩略图gr图肺癌肿瘤克隆性分析显示完整标题查看大图图浏览器下载高分辨率图像下载本地、郊区客运电子邮件列表（）图缩略图igs图中拷贝数改变的克隆分布，与图和相关显示完整标题查看大图图浏览器下载高分辨率图像下载（）在具有双克隆群体的十个肿瘤样本中，八个在亚克隆中具有一种或多 种潜在的可靶向突变（表）。这八个样本在显性克隆中 还具有至少一种额外的可靶向突变。我们认为 美国在线电子邮件列表 ，由于检测肿瘤基因组中平均倍单倍体覆盖率的低频突变的局限性，我们的分析低估了肿瘤异质性。可以想象，未来的研究将需要集中于影响关键基因或关键途径的药物治疗，不仅影响显性克隆，而且影响亚克隆。主要针对优势克隆的治疗策略可能会失败，因为出现了最初并非治疗目标的亚克隆。全基因组和转录组测序鉴定的结构变异在数据检测到的经过验证的个体细胞重排中，有个染色体

患病率分别为、和（表）。我们在四个样本中发现了涉及基因的五个点突变；其中包括四种错自小组筛选）和一种无义）突变。涉及的五个点突变中的两个（和）先前已在囊性纤维化患者中报道过（库库拉基斯等人，）。最近，针对特定点突变（和其他无义突变）的药物已显示出对囊性纤维化患者的治疗益处。拉姆齐等人的靶向测序来验证检测到的变异，我们能够准确估计每个肿瘤样本中发现的体细胞突变的变异等位基因频率。 根据分布，我们能够估计每个肿瘤样本中克隆群体 的数量和大小。最近的研究表明克隆进化在肿瘤进展和转移发展中的重要性（丁等，格林格等人，）。利用拷贝数中性区域的突变，我们发现个肿瘤具有多克隆特征，个肿瘤主要是单克隆的（表和图）。我们没有发现吸烟状况与肿瘤克隆性之汽车货运电子邮件列表间存在任何相关性。根据突变的，我们能够识别创始克隆和/或亚克隆中存在的突变。在我们的队列中验证的所有和突变都存在于相关肿瘤样本的创始克隆中（例如，中为时的突变，图，以及中为时的 突变，图 涉及等基因的其他突变的克隆分布在 样本之间存在差异。特别是在肿瘤中，它在中 美国在线电子邮件列表 值和处表现出两个不同的突变簇，两个亚克隆中都存在突变（图）。我们通过使用一种算法将亚克隆性分析扩展到的拷贝数改变（特别是删除），该算法将观察到的读数计数与受影响间隔中的预期二倍体读数计数进行比较。我们在缺失中发现了双克隆模式，这与我们在上述分析中观察到的情况类似（表和图）。在中，为时，二级克隆中存在突变（图）。和突变很可能是肺癌的起始事件，而其

相关死亡的主要原因（费莱等人，）。非小细胞肺癌新点突变和新融合。体细突变负担、谱和受影响的基因存在显着差异（图）。在来自吸烟者（包括前轻度吸烟者）的个样本中，我们观察到与其他肿瘤样本相比，一个癌症基因组的点突变数量显着更高（第级：,）（图））。该样本符合我们的“超突变”标准 该标准在我们的研究中，鉴定出了基因卷曲螺旋结构域中 的两个移码突变（：fs和：fs）。对超突变样本对中的seq数据分析显示，正常样本中的（每百万个片段映射的每千碱基外显子片段数；扩展实水运邮件列表验程序）表达水平为，而肿瘤样本的表达水平为。该结果在数据中得到证实，其中三个样本（、和）显示肿瘤样本中拷贝数丢失（表）。最后，我们对突变进行定期筛查n鉴定出另外两种非沉默突变，包括一种错义突变（）和一种无义突变（）。在三个样本中发现了基因的复发点突变）。 基因突变已在儿童早期细胞前体急性淋巴细胞白 血病中被发现。张等，）。我们还在基因中发现了三个具 美国在线电子邮件列表 有非同义点突变的样本（：、：和：和），该基因编码属于结合盒（）蛋白家族的膜转运蛋白。还有其他基因未达到测试显着性阈值，但包含在我们的扩展集中用于测试复发（n）。选择三个候选基因、和是出于多种原因，包括作为肺癌治疗靶点的可能性及其与其他肺部疾病（、囊性纤维化）的关联，或者它们与从不吸烟者（）。在用于肺癌全基因组分析的个样本和用于验证的

样本至少大。吸烟者的点突变总数（级）（中位数,，范围,,，不包括）相对于从不吸烟者（中位数，范围,）要高得多。同样，与从不吸烟者（中位数，范围）相比，吸烟者（中位数，范围）涉及编码区（第层）的点突变总数也高得多。前轻度吸烟者的级点突变总数为个，第级仅个（表）。与之前的报道一致（丁等人，李等人，），与从不吸烟的肺癌患 者（每b突变：中位数）相比，吸烟引起的肺癌与 每b突变数量显着增加（每b突变：中位数，范围–，不包括）在我们的研究中，突变为，范围）和一名患有肺癌的前轻度吸烟者（每b个突航空运输电子邮件列表变）。图说明了根据吸烟状况患者的突变的不同特征。特别是，→颠倒主要出现在吸烟者中，而→颠倒是从不吸烟的肺癌患者和以前轻度吸烟者中最常见的点突变类型。与之前报道的研究一致（丁等人，李等人，）。单个大细胞癌 样本的突变谱与吸烟相关的肺腺癌没有不同。总体而言，肺癌基因组 中的点突变数量似乎与患者的吸烟状况密切相关，并 美国在线电子邮件列表 且前轻度吸烟者基因组的分布表明，接触烟草烟雾的量和持续时间与吸烟者之间可能存在剂量反应关系。突变负担的程度。超突变肿瘤被发现具有涉及多个修复基因的点突变，包括。在九个中，涉及、和基因的突变此前尚未在肺癌中报道。低表达水平与乳腺癌患者的不良预后相关（吴等人，）。据报道，在前列腺癌和神经胶质瘤中具有肿瘤抑制作用。渡边等人，吴等人，）。

肺癌通常是异质的，并且由亚克隆群体组成。我们的研究结果强调了对肺癌基因组和转录组进行全面综合分析对于确定新途径和治疗靶点的重要性。结果研究设计和案例描述用于全基因组测序的肿瘤和邻近正常组织样本取自诊断为的患者，这些患者在华盛顿大学医学院lviniteman癌症中心接受化疗或放疗之前接受了明确的手术切除。所有样本均经过病理学检查以确定组织学诊断和肿瘤细胞结构。本研究仅使用肿瘤核 大于或等于切片中总细胞核的样本。我们确定了名符合上述 所有标准的患者，从而形成一个队列，其中包括名具有腺癌组织学的肿瘤和名具有大细胞癌组织学的肿瘤。患者的中位年龄为岁（范围岁）。图）。表提供了临床特征，包括肿瘤分期、接受的治疗和结果（可在线获取）。数据中提供了组织学图铁路运输电子邮件列表像。该研究得到了华盛顿大学医学院人类研究保护办公室（）的批准。图缩略图gr图肺癌的突变情况显示完整标题查看大图图浏览器下载高分辨率图像下载（）本研究的初始数据集包括使用个肺癌肿瘤正常对生成的全基因组测序双端测序数据，单倍体覆盖范围为至倍（表）。通过使用各种计算方法发现了点突变、小（bp）插入 缺失、拷贝数改变和结构变异（）。陈等人，拉森等人，李 等人，麦肯纳等人，叶等人，）。如前所述，通 美国在线电子邮件列表 过全基因组测序鉴定的点突变和插入缺失被分为四级（马迪斯等人，）（扩展实验程序和表和）。定制序列捕获阵列用于验证假定的突变（表）。通过在一组独立的例原发性肺腺癌中进行复发筛查，扩展了鉴定的感兴趣的变异（表）。为所有个肿瘤和一个与匹配的正常邻近组织生成测序seq数据，检测到每个肿瘤中表达的,,个基因（表）。与吸烟相关的肺癌基因组图谱吸烟者和从不吸烟者之间

种组织学亚型：腺癌、鳞状细胞癌和大细胞癌。大约–被诊断患有肺癌的患者报告没有吸烟史。亚洲部分地区终生不吸烟的患者比例较高（萨勃拉曼尼亚和戈文丹，）。环境和职业暴露（吴,）以及遗传易感性（塞勒斯等人，杨等人，），被认为会增加从不吸烟者患肺癌的风险。表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼和厄洛替尼对肿瘤细胞结构域存在特定突变的患者显示出显着的活性。林奇等人，）。 最近在一些（主要是腺癌）患者的肿瘤标本中发现了一种 涉及样蛋白和间变性淋巴瘤激酶基因的融合激酶，以及对克唑替尼的显着反应，以及鉴定涉及和的融合激酶，重新激发了识别可能成为治疗靶点的新交通邮件列表基因组改变的努力（河野等人，利普森等人，苏达等人，竹内等人，）。结构域突变和涉及的融合激酶在终身不吸烟者的肿瘤样本中比吸烟者更常见（苏达等人，萨勃拉曼尼亚和戈文丹，）。在我们之前的研究中，对个肺腺癌进行基于阵列的分析，发现了个显着的拷贝数改变（威尔等人，包 括最常见的扩增，是一种负责肺发育的谱系特异性转录因 此外，对个肺腺癌中个候选癌基因的编码外显子进行测序，鉴定出个肺腺癌中显着突变的基因，包括一组癌基因（、、ephrin受体基因、、、和基因））和肿瘤抑制因子（丁等人，）。显然，发现肺癌中新的遗传改变，从点突变到大的 美国在线电子邮件列表 结构变异，需要采用全面的全基因组方法。我们报告了一项基于测序的研究，通过使用全基因组和转录组测序，对名腺癌患者和一名大细胞肺癌患者的肿瘤标本进行了研究。我们发现了一些可能成为治疗目标的

瘤中至关重要，并为合理识别癌症中的共依赖性途径建立了通用方法。尽管少数癌症基因在特定类型的肿瘤中发生突变的比例较高（>），但大多数突变频率为中等频率（）。为了探索创建癌症基因综合目录的可行性，我们分析了,种人类癌症的外显子组序列及其匹配的种癌症类型的正常组织样本的体细胞点突变。我们发现大规模基因组分析可以识别这些肿瘤类型中几乎所有已知的癌症基因。 我们的分析还确定了个以前未知的在癌症中 发生显着突变的基因，包括与增殖、凋亡、基因组稳定性、染色质调节、免疫逃避、加工和蛋白质稳态相关的基因。下采样分析表明，较大的样本量将揭示更多以临床重要频率发生突变的基因。我们估计每种肿瘤类型需要,个样本即可接近饱和，具体取决于背景突变频率。研究结果可能有助于指导癌症基因组学的下一阶段测序数据用于和。scilone自动突出显示以显示它们的概括我们报告了名非小细胞肺癌患者的肿瘤和邻近正常组织样本的电子邮箱列表全基因组和转录组测序结果。我们在编码序列中发现了,个点突变和多个插入缺失，吸烟者的平均突变频率比从不吸烟者高倍以上。 发现了参与染色质修饰和修复途径的基因的新改变， 以及、、、和。深度数字测序揭示了从不吸烟者和 美国在线电子邮件列表 吸烟者的不同克隆模式。所有经过验证的和创始人克隆中存在突变，表明在癌症发生中可能发挥作用。分析揭示了种融合，包括和，以及新型代谢酶。肺癌中的细胞周期和通路发生显着改变，同时个基因也受到干扰，这些基因可能是目前可用药物的靶标。图形概要图缩略图fx查看大图图浏览器下载高分辨率图像下载（）强调患有肺癌的吸烟者的点突变数量是从不吸烟者的倍鉴定出新的肺癌基因，包括、、、和肺癌

如和），分别（补充表a）。变的表达水平分布。对于所有三种癌症类型，我们清楚地观察到，与非相比，中的表达量更高，这在和中最为明显（扩展数据图a）。这一结果表明肿瘤发生过程中这些突变的潜在选择。用于使用来自拷贝数中性片段的点突变生成突变簇。仅使用覆盖度大于或等于×的变体进行聚类和绘图。验证数据用于，外显子组抽象的系统干扰揭示致癌驱动的癌症需要大卫··芭比，巴勃罗·塔马 约杰西··博姆，金素英,苏珊··穆迪，伊恩··邓恩，安 娜··辛泽尔，彼得·桑迪,艾蒂安·梅兰，克劳迪娅·绍尔,斯特凡·弗罗林,埃德蒙··陈，马丁··索斯，凯瑟琳·米歇尔,克雷格·默梅尔,瑟琳娜··西尔弗，芭芭拉··威尔，简··赖林，庆生,皮尤什··古普塔，雷蒙德··瓦德洛，韩乐,塞巴斯蒂安·霍尔施,本··维特纳，小型企业电子邮件列表……威廉··哈恩显示作者自然体积第章页面–引用这篇文章k访问次数引文替代计量法指标细节抽象的原癌基因在多种人类癌症中发生突变，其中大多数癌症具有侵袭性，对标准疗法反应不佳。 尽管特定癌基因的识别在某些情况下导致了临床有效 的分子靶向疗法的开发，但仍然难以采用这种方 美国在线电子邮件列表 法。针对的补充策略是鉴定基因产物，这些基因产物在受到抑制时，仅在存在致癌等位基因时才会导致细胞死亡,。在这里，我们使用系统性干扰来检测致癌的合成致死伴侣，并发现非经典κ激酶在含有突变的细胞中选择性必需。的抑制会诱导细胞凋亡，特别是在依赖致癌表达的人类癌细胞系中。在这些细胞中，激活涉及cel和（也称为）的κ抗凋亡信号，这些信号对于生存至关重要，为

将立即在研究界内传播，或特定肿瘤类型候选靶点的潜力。最终，这些数据及其与不同临床特征和亚型的关联应有助于制定所有肿瘤类型的参考候选基因组，这可能有助于不同临床时间点的预后。方法总结协变量基本一致（前个显着基因中有个与这两个分析重叠）（补充表b）。此外，分期被用作个体癌症类型生存分析的协变量（不包括和/）。同样，结果与仅将年龄和性别作为协变量相当一致（例如，前个重要基因中 有个与的这两个分析重叠）（补充表） 克隆性和突变 分析我们使用靶向验证数据或/和、和的外显子组和测序数据计算了中体细胞突变的。内部开发的工具ameadount（未发布）可计算支持参考和变异等位基因的读取数量，用于计算拷贝数中性片段中的点突变和短插入缺失的。只有具有≥×覆盖度的突变新业务线索电子邮件列表位点和具有至少个数据点的才包含在下游分析中。排列和t 检验用于识别显着高于或低于平均值的基因（补充表a 、b）。这些表明肿瘤发生过程中体细胞事件出现 美国在线电子邮件列表 的时间顺序。类似地计算未识别为显着突变的基因突变的，以生成对照密度分布。我们还计算了其他九种癌症类型的分布，并且绘图包含在扩展数据图中。总共，和个肿瘤用于分布分析。我们使用、和的现有测序数据进一步研究了体细胞突变的表达水平，然后将观察到的突变等位基因表达与基于的预期水平进行比较（假设没有等位基因表达偏差）。总共个、个和个肿瘤以及seq用于此分析。

克隆中。星号表示终止密码子。oweroint幻灯片全尺寸图像先前使用全基因组测序的到亚克隆,,；然而，由于外显子组的编码突变相对较少，因此使用外显子组进行分析很困难。使用个病例，例中）的创始克隆中检测到突变，在亚克隆中检测到（例）中的突变。）案例（扩展数据图b）。在分别有个和个具有足够编码突变进行聚类的和肿瘤中，和肿瘤包含亚克隆。我们的分析提供了肿瘤异质性的下限，因为仅 使用编码突变进行聚类。在中，（例中的例）的病例 在创始克隆中含有突变，而（例中的例）的病例在亚克隆中含有突变。在肿瘤中也发现了类似的模式，在创始克隆中，分别有（个中的个）和（个中的个）的肿瘤含有和突变，（个中的个）含有和突变。的和（七分之一）的亚克隆中的突变按邮政编码的邮件列表电子邮件列表（扩展数据图b和补充表）。讨论我们对泛癌症突变数据集进行了系统分析，找到了癌症基因组的关键见解，如扩展数据图中总结的那样。该数据集包含个不同的，证明许多细胞和酶促过程参与肿瘤发生。 值得注意的是，其中个也在使用突变的比例方法生成 的“mut驱动基因”列表中。尽管每种癌症类型中 美国在线电子邮件列表 都存在一组常见的驱动突变，但癌症类型内的驱动突变组合及其在创始克隆和亚克隆中的分布因个体患者而异。这表明了解每个患者肿瘤的克隆结构对于优化治疗至关重要。鉴于和国际癌症基因组联盟项目生成基因组数据的速度，短期内有合理的机会确定“核心”癌症

（补充表a，b），与之前的工作一致。了了解体细胞事件的时间顺序，我们分析了、和（图a和补充表a）以及其他肿瘤类型（扩展数据图）中突变的变异等位基因分数分布。为了最大限度地减少拷贝数改变的影响，我们重点关注拷贝中性片段的突变。突变在所有三种癌症类型中平均具有较高的，表明肿瘤发生过程中较早出现，尽 管后来导致肿瘤细胞扩张的突变可能具有较高的 。值得注意的是，复制中性杂合性丢失常见于经典肿瘤抑制基因，如、、和，导致这些基因中的增加。在中，（排列检验）、（）和（）的显着高于的平均水平（图a和补充表b）。在乳腺癌中，、、、、和具有相对较高的平均。对于子宫内膜癌，多种（例如、、、和具有相似的中位。相反，和/或突变在所有三种肿瘤类型本地营销列表电子邮件列表中往往具有较低的（图a），这表明（例如，中的）和（例如，中的）具有较低的。在、和肿瘤的子集中 的进展作用。对于所有三种癌症类型，我们清 楚地观察到，与非相比，中的表达量更高，这在和中最为明显（扩展数据图a和方法）。图：驱动启动和进展突变以及肿瘤克隆结构。图a，来自、和的肿瘤中突变的变异等位基因分数分布，用于复制中性片段中的突变（≥×覆盖率 美国在线电子邮件列表 ）。包含≥个突变数据点的。hr，染色体b，在样本中，创始克隆中存在两个突变，亚克隆中存在一个突变。在肿瘤（外显子组）中，创始克隆中存在一个突变，亚克隆中存在和突变。在肿瘤中，（外显子

模，这表明替换可能会改变更合适环境中评估突变表达的影响。这些模型的创建目我们的统计分析在表达数据和管理（方法）的指导下，确定了个此类基因（；补充表）。这些参与广泛的细胞过程，大致分为类（图），包括转录因子/调节剂、组蛋白修饰剂、基因组完整性、受体酪氨酸激酶信号传导、细胞周期、丝裂原激和个共现（）对（补充表）。和是中独有的，其突变富含不同亚型，中的和也是如此。队列分析鉴定出至少一个基 因具有与一种癌症类型密切相关（校正）的突变的基因对， 并且还鉴定出具有显着排他性的和（扩展数据图）。具有显着共现性的对包括中的和，中的和，以及中的和。变与（，风险比，置信区间：–）和，但突变最近发现，非典型慢性粒细胞白血病a的预后较差，但对具有显着的不利影。在中，与较差的生存率密切相关。医院和医疗保险电子邮件列表相反，突变与卵巢癌更好的生存相关，这与之前的报道一致,；突变与更好的生存率呈正相关，但在此并未达到显着性。我们将生存分析扩展到各种癌症类型，将我们的注意力限制在种子集上，这些突变出现在≥具有≥种肿瘤类型生存数据的患者中 。以类型、年龄和性别为协变量，我们发现了个显 着基因：和（扩展数据表）。特别是， 美国在线电子邮件列表 非常显着总共个肿瘤中有超过个突变肿瘤），突变与四种肿瘤类型的有害结果相关，并且在中具有显着关联（），与最近的报告一致，并且在中（）。其他几个基因的突变也是有害的，包括，之前被认为与预后不良，以及、和。与、和的不良预后显着相关。相反，）与和等六种类型的生存获益相关（补充表a、b）。突变与泛癌组（，）和（，）的预后改善相关

活蛋白激酶（）信号传导、磷脂酰肌醇激酶信号传导、nt/β连环蛋白信号传导、组蛋白、泛素介导的蛋白水解和剪接（图））。、和nt/βcatenin信号通路的鉴定与经典癌症研究一致。值得注意的是，新的类别（例如剪接、转录调节子、新陈代谢、蛋白水解和组蛋白）令人兴奋的指南。分类为组蛋白修饰剂、信号传导和基因组完整性的基因均与不止一种癌症类型相关， 而转录因子/调节因子、β信号传导和nt/β连环蛋白信号传导基因往往与单一  ，聚类确 、和中的几个主要群体。发现了两个主要的子宫内膜子宫内膜簇，一个具有、和突变，另一个包含两个额外基因（和）的突变。观察到五人寿保险电子邮件列表个主要乳腺癌簇，其中、、、和发生突变作为各个集群的驱动程序。驱动的簇与簇和卵巢癌簇相邻，都缺乏其他突变（图）。胶质母细胞瘤簇的特点是突变。检测到两个肾透明细胞癌簇；两者都以作为共同驱动因素，其中一种在和/或中具有其他突变（参考文献）。和突变在中是相互排斥 的，与之前的报道一致,。具有以、和突变的各种组合为代 的三个主要簇，以及一个以突变为主的簇。具有和突变的一个簇几乎完全在/中检测到。来自、、和的肿瘤大部分分散在泛癌症队列中，表明这些疾病存在广泛的异质性。图：基于突变状态的无监督聚类。图排除没有突变或超过个 美国在线电子邮件列表 突变的肿瘤。为,个肿瘤构建了突变状态矩阵。突出显示了、、、、、和中检测到的主要突变簇。完整的基因列表如图所示。oweroint幻灯片全尺寸图像之间的互斥性和共现性对个进行配对排他性和共现分析发现个互斥（错误发现率）

该反应不太可能是由厄洛替尼引起的升糖指数突变型细，以确保已进行充分的知情同意流程。验证筛选突变的基因和新兴的（例如，组蛋白、组蛋白修饰、剪接、描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。表明肿瘤发生过程中所需的驱动突者肿瘤进展的轨迹。突变数据标准化应用严格的过滤器（方法 确保种癌症类型的高质量突变调用：乳腺 癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、子宫体子宫内膜癌、多形性胶质保险电子邮件列表母细胞瘤）、头颈鳞状细胞癌（）、结肠癌和直肠癌（、）、膀胱尿路上皮癌（）、肾肾透明细胞癌（）、卵巢浆液性癌（）和急性髓系白血病（）；通常称为）（补充表）。总共的标志。种类型的序列上下文分析揭示了最大的差异是>转换和>颠换（图c）。、和中>颠换上游胸腺嘧啶bp（碱基对）的频率明显高于其他癌症类型（扩 展数据 具有相似的背景，即>转换的鸟嘌呤碱 基下游的比例在至之间，远高于其他癌症类型的约。先前报道过胃肠道肿瘤（包括结直肠癌）中p转变突变的频率较高。我们发现另外三种癌症类型（、和）聚集在p的>突变中，这与之前子宫内膜癌和胶质母细胞瘤中异常甲基化 美国在线电子邮件列表 的发现一致。与其他类型（针对进行了丰富）相比，对于>转换具有独特的特征（扩展数据图）。基因显着突变正选择下的基因，无论是在单个肿瘤类型还是在多种肿瘤类型中，往往表现出高于背景的更高突变频率。

变数量相对较少。转录因子/调节因子的突变表现出组织特异性，而组蛋白修饰剂通常在多种癌症类型中发生突变。临床关联分析识别对生存具有显着影响的基因，并且对克隆/亚克隆结构的突变的研究描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。对克隆/亚克隆结构突变的研究描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总 而言 这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。对克隆/亚克隆 它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。主要的测序技术的进步现在能够处理职业介绍所电子邮件列表数千种多种类型的肿瘤，以进行系统的突变发现。范围的扩大，加上算法的显着进展,,,,，直接导致了重要功能突变、基因和途径的表征,,,,,,,,,,,,。癌症涵盖多种相关疾病，因此了解各种类型和亚型之间的共性和差异至关重要。的成立就是为了满足这些需求，其庞大的数据集为系统、 集成分析提供了前所未有的机会 我们对种癌症类型的,个 肿瘤进行了系统分析，以研究癌症发生 美国在线电子邮件列表 和进展的潜在机制。我们描述了可变的突变频率和背景及其与环境因素和修复缺陷的关联。我们从不同的信号传导和酶促过程中鉴定出个显着突变的基因。驱动的乳腺癌、头颈癌和卵巢癌簇的发现以及中缺乏其他突变的发现表明，常见的治疗策略可能适用于这些肿瘤。我们确定了、和突变和相关突变之间的相互作用在多种癌症类型中具有有害表型。潜在体细胞突变的亚克隆结构和转录状态揭示了癌症患

代谢和蛋白水解）癌症中的细胞过程。变数量因肿瘤类型而异；大多数肿瘤有两到六个，表明肿瘤发生过程中所需的驱动突变数量相对较少。转录因子/调节因子的突变表现出组织特异性，而组蛋白修饰剂通常在多种癌症类型中发生突变。临床关联分析识别对生存具有显着影响的基因，并且对克隆/亚克隆结构的突变的研究描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个 体化癌症治疗奠定了基础 这些显着突变基因的平均突 变数量因肿瘤类型而异；大多数肿瘤有两到六个，表明肿瘤发生过程中所需的驱动突变数量相对较少。转录因子/调节因子的突变表现出组织特异性，而组蛋白修饰建筑服务电子邮件列表剂通常在多种癌症类型中发生突变。临床关联分析识别对生存具有显着影响的基因，并且对克隆/亚克隆结构的突变的研究描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。这些显着突变基因的平均突变数量因肿瘤类型而异；大多数肿瘤有两到六个，表明肿瘤发生过程中所需的驱动突变数量相对较少。转录因子/调节因子的突变表现出组织 特异性，而组蛋白修饰剂通常在多种癌症类型中发生突 变。临床关联分析识别对生存具有显着 美国在线电子邮件列表 影响的基因，并且对克隆/亚克隆结构的突变的研究描绘了它们在肿瘤发生过程中的时间顺序。总而言之，这些结果为开发新的诊断方法和个体化癌症治疗奠定了基础。表明肿瘤发生过程中所需的驱动突变数量相对较少。转录因子/调节因子的突变表现出组织特异性，而组蛋白修饰剂通常在多种癌症类型中发生突变。临床关联分析识别对生存具有显着影响的基因，并且对克隆/亚克隆结构的突变的研究

在发现组中，使用个患者样本和匹配的正常对个基其发夹序列”靶向的编码序列。p载体中提供了靶向的发夹的细胞进行比较。免疫印迹根据制造商的方案使用upage系统nvitrogen进行免疫印迹。将细胞在含有蛋白酶oche和磷酸酶抑制剂albiochem的％onidet中裂解，并用radford试剂ioad测定蛋白质浓度。使用的一抗是lagigma、磷酸 氏 勃林格殷格翰、阿斯利康、强生  以及研究支持（诺华、阿斯利康）。致谢我们感谢乙基实验室（德克萨斯州蒙哥马利）的riccntush在生产抗体方面所做的努力。美国肺脏协会、联合抗击肺癌组织、莎拉·托马斯·莫诺波利基金会、希曼公司肺癌基金会和基因泰克公司向eyerson工程电子邮件列表的资助。ammerman是国防部肺癌研究奖学金的获得者，编号为。rambilla和rambilla得到国家卓越计划/国家癌症研究所a年赠款的支持。aura得到卓越研究专项计划赠款的支持。homas得到了eutscherebshlife（拨款）、德国科学和教育部作为国家基因组研究网络plus计划（拨款）的一部分、马克斯· 普朗克学会的支持抽象的癌症基因组图谱使用最新的测 序和分析方法来识别数千种肿瘤的体细胞 美国在线电子邮件列表 变异。作为泛癌症工作的一部分，我们在此展示种肿瘤类型的,个肿瘤的点突变和小插入/缺失的数据和分析结果。我们阐明了不同肿瘤类型的突变频率、类型和背景的分布，并建立了它们与起源组织、环境/致癌物影响和修复缺陷的联系。使用整合的数据集，我们从众所周知的（例如，丝裂原激活蛋白激酶、磷脂酰肌醇激酶、nt/β连环蛋白和受体酪氨酸激酶信号通路以及细胞周期控制）中识别出个显着

本项目生成了抗体。二级辣根过氧化物酶缀合抗体均从ierce获得，并通过picohermocientific检测蛋白质。使用pson扫描仪将图像导入dob​​ellustrator。在某些情况下，调整扫描图像的亮度和对比度以确保清晰度，并裁剪印迹以显示图像中感兴趣的区域。在所有 情况下，亮度或对比度的调整均统一应用于整个图像  据有关动物安全的机构指南进行。裸鼠以每次注射、或和百万个细胞的密度注射肺癌细胞系，试图控制变量动物体内肿瘤的生长速度。每种细胞类型在个部位注射只小鼠，观察小鼠直至和的肿瘤体积接近m或的肿瘤体积接近m。当时，每天用mg/kg达沙替尼或载体对照治疗小鼠，持续两周，并在治疗期间测量肿瘤大小。统计数据对于增殖和集夜总会、酒吧电子邮件列表落形成测定，报告至少一式三份样品的平均值，以及由icrosoftxcel 计算的。使用raphadrism软件获得值。使用交互式统计网络资源执 行功效和样本量计算。潜在利益冲突的披 美国在线电子邮件列表 露eyerson是诺华公司的顾问；获得诺华和基因泰克的研究支持；是oundationedicine的创始顾问、顾问和股东；并且是突变检测的专利持有者，并获得enzymeenetics的许可。ray获得诺华公司的研究支持。aura是一项由行业赞助的达沙替尼和厄洛替尼治疗肺癌临床试验的首席研究员，该试验由百时美施贵宝和美国临床肿瘤学会部分资助。homas报告咨询和讲座费用（equenom、赛诺菲安万特、默克、罗

两个发夹。用作对照。病毒感染如先前所描述的，使用pzl载体的逆转录病毒转导，转基因在肺癌细胞系和a/中表达。简言之，细胞用于产生病毒并用合适的pzl或pabe载体和使用ugeneoche的包装载体共转染。在聚凝胺存在下对细胞进行两轮过夜感染。使用μg/m的杀稻瘟菌素选择、a/和生成稳定细胞；和为μg/m；为μg/m。慢病毒感染按照在线协议进行（），用建议的p、和delta载体组合转染细胞。收集病毒并用于在聚凝胺存在下感染肺癌细胞系小时。使用嘌呤霉素选择产生稳定的细胞系，的浓度为μg/m，、和的浓度为μg/m  细胞增殖和活力测定根据制造商的说明，使 用elliterlo试剂romega测量细胞增殖。对于细胞系实验，将细胞以每孔,个细胞的密度接种在透明底孔板中。第二天添加药物，天后测量系的细胞增殖。对于a/，细胞以每孔,个细胞铺板，并于当天添加药物。天后测量增殖。使用标准孔板发光酒店和汽车旅馆电子邮件列表计/读板器进行增殖测量。数据显示为相对值，其中给定药物浓度下 的发光与相同类型的未处理细胞的发光进行比较  激酶抑制剂购自实验室或在哈佛医学院ray 美国在线电子邮件列表 实验室合成。通过nvitrogen进行的anthacreen时间分辨激酶活性测定，确定了所有化合物对的体外s。使用i读数器对细胞进行台盼蓝染色，并为每个测量样品生成个独立图像，从而测量细胞活力。根据制造商的方案添加药物小时后，对经达沙替尼处理的细胞进行膜联蛋白iosciences分析。对于sh实验，在嘌呤霉素选择后，将细胞以每孔,个细胞的密度接种到孔板中。天后测量增殖情况，并与表达

为n。文献检索并未发现任何关于埃罗替尼作为有效抑制剂的早期报道，我们在突变细胞系和中的初步实验表明，埃罗替尼的敏感性至少低倍高于对达沙替尼的敏感性（数据未显示）。总之，我们希望我们的数据可以刺激达沙替尼或其他酪氨酸激酶抑制剂在肺鳞状细胞癌患者中开展更大规模的临床试验，并对这些患者进行突变检测，从而有可能为这种致命疾病提供毒性更小、更有效的治疗方法。方法道德声明所有 动物实验均在达纳法伯癌症研究所（马萨诸塞州波 士顿）的机构动物护理和使用委员会批准的动物方案下进行，所有涉及人类的实验均按照机构审查委员会批准的方案进行：如下面所描述的。肺样本的采集对于初次和二次筛查，肿瘤样本是根据经anaarber/哈佛大学癌症中心批准的机构方案从anaarber癌症研究所/布莱根妇女医院/哈佛大学癌症中心（马萨诸塞州波士顿）获得的年加拿大酒店汽车旅馆电子邮件列表月发布，此后每年更新。这是一项通用组织采集方案，适用于同意在手术前采集组织用于研究（包括测序  的肺癌患者。所有具有可切除、活检证实的肺鳞状 细胞癌（由委员会认证的解剖病理学家诊断）的 美国在线电子邮件列表 患者均符合资格。这些符合条件的受试者在加入方案之前参加了详细的知情同意程序，其中包括讨论使用组织样本进行测序研究和书面同意文件。此外，从安大略癌症研究所获取了未识别的肺鳞状细胞癌患者的样本，用于初级和二级筛查，作为丹娜法伯/哈佛癌症中心批准收集未识别的肿瘤样本用于测序的一部分学习。对收集去识别化样本的批准取决于对所有外部站点当地批准的协议的审查

前正在进行中，对突变的促进细胞转化的确切机制尚不清楚。然而，的异位表达与转化的a/细胞中的和rc磷酸化相关，并且rc和的化学抑制似乎在转化的a/细胞中表现出累加（如果不是协同）效应，突变的机制激活下游信号传导尚不清楚。激酶结构域突变可能以与处模拟突变类似的方式改变的激酶活性。观察到野生型的异位表达足以转化a/细胞，这表明信号传导活性的增加是潜在的转化机制。 的盘状蛋白结构域或未分类区域中的突变也有 可能影响的配体结合或定位；先前的报告表明，家族性脊椎骨骺发育不良中的突变会改变的配体结合和膜运输,。除了讨论激酶基因中广告营销机构电子邮件列表复发性体细胞突变的鉴定之外，我们还表明达沙替尼可以在体外和体内有效抑制突变的细胞系以及异位表达突变的细胞的增殖。总之，这些数据确定了肺鳞状细胞癌的潜在第一个治疗靶点，该靶点已经存在临床批准的药物，从而为酪氨酸激酶抑制剂的临床试验提供了理论基础。我们还报告了一名肺患者的 激酶结构域突变，该患者对达沙替尼和厄洛替尼组合表 现出放射学反应，但不携带突变。尽管这是一个有趣的 美国在线电子邮件列表 结果，但我们认为在解释时应谨慎，因为试验中一名鳞状细胞癌患者仅报告了例反应，从而排除了对相关性的彻底评估。此外，受试者在治疗个月后因出现不可接受的毒性而停止治疗，这表明有必要对达沙替尼以外的酪氨酸激酶抑制剂进行研究。尽管不可能明确得出该患者因突变而对达沙替尼治疗产生特异性反应的结论，但鉴于不存在激酶结构域突变以及之前提到的情况，我们认为

的激酶活性（补充图）。讨论我们报告在个样个新突变，所有样本中的总体突变率为，原发性中的总体突变率为，这一比率与携带融合的肺腺癌患者的比例相当。与抑制剂克唑替尼的显着反应相关的基因组事件,。目前，突变是否主要出现在肺部鳞状细胞癌中，或者它们是否可能存在于源自 其他组织的鳞状细胞癌中，例如头颈、皮肤或不同部位 的肿瘤，这仍然是一个重要的问题。组织学类型。此外，的速率我们的验证筛选中的突变率低于我们最初的突变筛选，并且可能需要额外的测序工作（例如即将推出的癌症基因组图谱）来进一步确定突变的患病率。值得注意的是，我们在子宫内金属煤矿电子邮件列表膜癌样本集中发现了个额外的突变（和），以及结直肠癌患者的突变（），支持突变可能存在于多种癌症类型中的可能性。对数据库的搜索中，值得注意的是肾细胞癌、多形性胶质母细胞瘤和前面提到的肺腺癌样本中的突变。此外，我们的初次和二次筛选主要由来自美国的样本组成，而验证筛选则由更多来自欧洲患者的样本组成， 这表明人口统计数据也可能影响观察到的突变率 最近的一份报告使用错配修复技术对例鳞状细胞肺 美国在线电子邮件列表 癌队列中超过个基因进行了测序，没有发现任何突变；然而，我们计算得出样本量不够大，无法检测速率的统计显着差异与我们的研究相比，假设幂为，α为。我们评估了种突变形式在细胞和a/细胞中异位表达的影响，结果表明突变的在这两种情况下都可以作为癌基因发挥作用，尽管效力不同。我们没有完成对所有已识别的突变体的评估，也没有在小鼠或其他模型生物的原代鳞状肺细胞的

机断层扫描图像。在化疗时、达沙替尼和厄洛替尼研究治疗开始时以及达沙替尼加厄洛替尼治疗个月后显示连续扫描。，顶部，中受试者的肿瘤尺寸测量，从化疗治疗前个月开始，一直延伸到达沙替尼和厄洛替尼联合治疗停止时。底部条形图描绘了根据实体瘤疗效评估标准在化疗前、 化疗后以及达沙替尼加厄洛替尼治疗个月后测量的肿 瘤体积。查看大图下载幻灯片患有突变的患者接受达沙替尼加厄洛替尼治疗后的放射学反应。，来自一位肺患者接受化疗、随后接受达沙替尼加厄洛替尼治疗的计算机断层扫描图像。在化疗时、达沙替尼和厄洛替尼研究治疗开始时以及达沙替尼加厄洛替尼治疗个月后显示连续扫描。，顶部，中受试者的肿瘤尺寸测量值，从化疗前个月开始，一石油和天然气电子邮件列表直延续到达沙替尼和厄洛替尼联合治疗停止时。底部条形图描绘了根据实体瘤疗效评估标准在 化疗前、化疗后以及达沙替尼加厄洛替尼治疗个月后 测量的肿瘤体积。理肿瘤样本中进 美国在线电子邮件列表 行了定向测序，并鉴定了一种新的激酶结构域突变，该突变存在于通过次测序（数据未显示）获得的条读数中的条（）中，并进行了独立验证通过桑格测序（补充图）。该突变无法被证实为体细胞突变，因为该死者没有正常。这种相关性无法进一步探讨，因为没有其他鳞状细胞癌受试者对本研究中的治疗或随后单独使用达沙替尼的治疗有反应（n总共个）。我们在激酶结构域的