由于读取比对的难度更大

是因此,对于插入缺失验证,我们没有使用概.

是因此,对于插入缺失验证,我们没有使用概率功效计算,而是采用基于截止的方法。即,如果肿瘤数据中的覆盖率为x或更高,则认为indel调用的位点被覆盖在验证数据集中,并且如果该位点被覆盖并且在验证数据集中具有至少两个支持读取,则认为调用被支持。此外,如果在验证数据中的配对正常样本中观察到等位基因分数为或更高的indel替代等位基因,我们会引入额外的种系过滤器,通过使体细胞indel

调用无效 使用微流体装置(luidigm)通过对所选突变

进行靶向重测序以进行验证。具有luidigm兼容尾部的引物被设计为位于感兴趣位点的侧翼并产生bp/bp的扩增子。每个样品–ng与含有llumina接头序列、样品特异性分子条形码和与引物尾部互葡萄牙电话号码表补的序列的寡核苷酸混合。该混合物用作在luidigmaccessarray上扩增的每个样品的模板。该方法允许使用通用引物,同时确保给定样品的所有扩增子都收到相同的测序条形码。根据制造商的说明在luidigmaccessarray上进行。在luidigmaccess阵列

上的单个收集孔中回收每个样品的条形码文库

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,使用icoreends定量试剂(nvitrogen,卡尔斯巴德,加利福 美国在线电子邮件列表 尼亚州)进行定量,并对各个文库的浓度进行标准化。将文库加载到lluminai仪器上,并使用双端bp测序读数进行测序。希等人,尤扎等人,)。所有质粒均通过测序确认。细胞培养和通过病毒转导产生细胞系通过逆转录病毒感染建立稳定表达外显子、缺失、突变体或野生型的混合细胞系和a/细胞,并按先前所述进行维持(格罗伊利希等人,江等,)。在刺激和收获之前,

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