胞系进行磷酸肽免疫沉淀

(拉什等人,)使用的hosphocan套.

(拉什等人,)使用的hosphocan套件yr。磷酸化位点数据集分析为了分配肽序列,我们使用iofacetene中实现的哈希字符串匹配算法来搜索hosphoite中的蛋白质。如果肽序列匹配多个蛋白质,则选择按字母顺序排列第一个登录号的蛋白质作为代表。例如,#与alpha和匹配,并将被分配给alpha。对于一些肽,我们手动选择一组中研究得最好的蛋白质作为代表。在肽同时匹配α和β的情况下,β被指定为代表。

我们计算了在质谱运行中观察到的每个肽序列

的光谱数量(刘等人,)。光谱符合下述质量标准(即补充实验程序、、equest搜索和ista)。为了计算蛋白质谱计数,我们对该次运行中分配给每个蛋白质的所有肽的数量进行了求和。使用的e程序进行层次聚类(赛义德等人,)与皮尔逊相关距离和平均连锁聚类。给定磷蛋白被识别的次数(分配给该蛋柬埔寨电话号码表白质的所有观察到的光谱的总和)被导入e并用于组装热图。具有个或更多磷酸肽的蛋白质显示为红色。对于每个患者样本,每种蛋白质

的光谱计数均根据β的光谱计数进行归一化,并减

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去该蛋白质在所有肿瘤中的平均计数。生长抑制试验根据 美国在线电子邮件列表 制造商的建议,使用elliterueousneolution细胞增殖测定(romega)进行细胞生长抑制测定。免疫组织化学染色和荧光原位杂交补充数据中提供了包含评分标准的和方案。致谢我们感谢ellignalingechnology,nc成员的帮助和富有成果的讨论

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