Day: July 19, 2023

达水平，并且进一步在突达。野生型癌症，表明基因可能通过其表达产物与的相互作用而致癌。为了鉴定基因，我们首先鉴定了所谓的“”基因，即中表达水平较高的基因种癌症类型的野生型癌症与正常组织中的癌症相比倍数变化>，<种癌症类型由鉴定基因，我们首先鉴定了突变癌症中表达水平高于正常组 织的基因倍数变化 我们将这些位点称为“”基因 然后鉴定基因表达水平较高野生型癌症与正常组织中的差保险电子邮件列表异倍数变化>，<我们将这些基因座称为“”基因，显然包括基因。基因是通过从基因列表中减去基因而获得的补充表。种不同癌症类型中超过四分之一的癌症类型共有个基因补充表。它们编码多种蛋白质补充图，尽管其中超过编码核酸结合蛋白转录因子和信号分子或细胞粘附分子。使用的网络分析表明抑制和。此外，我们的结果表明还 可能抑制其他基因，并且突变可能导致它们在许多不同癌症类 型中表达升高。突变率与临床表型的相关性我们比 美国在线电子邮件列表 较了种癌症类型中不同临床表型的癌症患者的突变率，包括性别种族肿瘤分期原发肿瘤淋巴结和转移的大小或直接范围：和补充表。我们选择这些临床表型和癌症类型是因为数据集中对这种癌症类型有相对完整的记录。在中，男性受试者的突变率低于女性受试者未经调整的值，优势比，而在中，男性受试者的突变率高于女

排除在分析之外。基因是和基因集的交集补充表。个基因是种不同癌症类型中四分之一以上所共有的补充表。通路分析显示这些基因产物大多参与细胞周期信号通路癌症和错配修复的途径以及许多不同癌症类型特有的途径，例如小细胞肺癌前列腺癌膀胱癌神经胶质 瘤胰腺癌黑色素瘤和慢性粒细胞白血病<补充表。在个基因 中，有个编码蛋白激酶：和。除了之前确定的八个激酶编码基因之外，基因人寿保险电子邮件列表还包括另外三个激酶基因：和，这些基因与的相互作用已被记录。在这个激酶基因中，在种不同的癌症类型中遵循表达模式：和图。编码丝氨酸苏氨酸激酶，该激酶参与中心体复制和有丝分裂检查点反应的调节，并在纺锤体破坏过程中的稳定和激活中发挥作用图。我们的结果表明可能反过来通过负反馈环抑制，因为突变似乎导致表达升高。图：在九种癌症类型中， 基因表达水平模式：突变癌症>野生型癌症>正常对照。 突变癌症：野生型癌症−<值≤值≤–。与正常 美国在线电子邮件列表 组织相比，突变癌症中表达更高的基因我们还鉴定了与正常组织相比在突变的癌症中表达更高的基因，但是与正常组织相比在野生型癌症中表达并不更高的基因。我们将这些基因座称为“”基因。我们对这些基因感兴趣，因为基因表达升高的机制可能与突变特别相关。为了

药物化，因此靶向的可药物化伴侣可能是治疗突变癌症的一种有前景的方法。使用软件对和这个激酶编码基因组成的基因组进行网络分析表明，直接与所有这些基因相互作用，确认这些已识别基因与的相关性图。事实上，之前的研究表明所有八个激酶编码基因都与相互作用–。更高表达水平图：与野生型癌症相比，突变癌症中的基因表达水平较高。灰色表示某个基因在突变的癌症中表达更高，而白色表示 并非如此。蛋白质图：与野生型癌症相比，在突变癌症中表 达更高的个基因的蛋白质类别。图：调节八个激酶编码基因或与八个激酶编码基因相互作用。实线表示直接交互，虚线表示间接交互从指向的箭头表示导致被激活，这包括任何直接的相互作用，例如结合磷酸化修饰等以“”结尾的箭头从指向表示导致被激活或抑制。使用分类系统，我们将个基因分为医院和医疗保险电子邮件列表八个分子功能类别：结合：催化活性：通道调节活性：酶调节活性核酸结合转录因子活性受体活性结构分子活性和转运蛋白活性。基因产物大部 分参与结合和催化活性>，其余参与核酸结合转录因子受体 结构分子转运蛋白酶调节剂和通道调节剂活 美国在线电子邮件列表 性补充图。使用基因集富集分析软件，我们确定了条与这个基因组显着相关的典型途径，如补充表所示<。补充表显示这些基因产物显着参与相关途径，例如细胞周期信号传导复制信号传导和信号传导。与野生型癌症相比，在突变癌症中表达更高的基因，并且在野生型癌症中表达也高于正常对照在突变的癌症中比在野生型癌症中

组织相比，通常受其抑制的基因在突变癌症中的表达就会升高。我们通过比较具有非沉默功能显着突变的癌症与的基因表达水平，确定了可能被抑制的基因数据集中的野生型癌症。与野生型癌症相比，在突变癌症中高表达的基因在种癌症类型中得到鉴定四种癌症类型由于突变样本数量较少而被排除在分析之外，并列在补充表中倍数变化>，错误发现率<。我们将这些基因座称为“”基因。在至少种不同的 癌症类型中发现了个基因补充表。其中两个基因和在种不同的 癌症类型中被鉴定，而个基因和在种不同的癌症类型中被鉴定。突变癌症中细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的表达水平高于种不同癌症类型中的野生型癌症：和。基本地营销电子邮件列表因编码两种蛋白质：和，它们都通过调节细胞周期充当肿瘤抑制因子。据报道，通过促进原癌基因产物的降解来激活，该基因以为目标。我们的结果表明可能反过来抑制，使得功能的丧失导致的上调。另一个基因驱动蛋白家族成员的表达水平在突变的癌症中也高于在种不同癌症类型中的野生型癌症：和。该基因编码 一种类似驱动蛋白的蛋白，可以通过依赖性途径调节人类原代细胞的细胞衰老。先前的一项 研究表明，乳腺癌细胞中的表达被显着抑制 美国在线电子邮件列表 ，这一发现与我们从数据集例如中获得的结果一致。总共个基因是种不同癌症类型中四分之一以上所共有的图和补充表。这个基因编码种不同类别的蛋白质图。其中，编码核酸结合蛋白，其余编码各种细胞骨架蛋白水解酶转移酶受体转录因子信号分子以及酶调节剂和激酶，表明转录抑制编码许多不同类别蛋白质的基因。此类个基因中的个成员编码蛋白激酶：和。这八个基因的产物作为小分子激

间的相互作用。在黑色素瘤队列中，和的改善，尽管未达到显着的值补充图。图图队列中亚组分析显示的换向状态与临床预后之间的关联。，的生存曲线，比较按肿瘤突变负荷低和高分层的和−组。，按肿瘤突变负荷低或高分层的和−组之间客观缓解率的比较。，的生存曲线，比较按表达分层的和−组<或≥。，按表达分层的和−组之间的客观缓解率比较<或≥查看大图下载幻灯片队列亚组分析显示换质状态与临床预后 之间的关联。，的生存曲线，比较按肿瘤突变负荷低和高分层 的和组。，按肿瘤突变负荷低或高分层的和组之间客观缓解率的比较。，的生存曲线，比较按表达分层的和组<或≥。之间的客观反应率比较和按表达分层的组<铁路运输电子邮件列表或≥在<的患者中，患者的显着延长中位为个月与个月，，–图，与没有的患者相比，更高，图，左。在≥的患者中，状态还预测了更长的趋势中位，，图，右和更高的图，右比。未观察到换相状态与表达之间存在显着交互作用。讨论在这项研究中，我们证明了和通路中突变的存在与较高的和免疫调节基因表达相关，并且是的潜在预测生物标志物。状态识别出可能受益于的患者群体，无论表达和状态如何。 系统需要保持基因组完整性，并与先天免疫信号具有多 种功能联系，以抵御受损等病原体。系统中 美国在线电子邮件列表 的功能突变会降低基因组稳定性，但目前尚不清楚哪种途径对基因组稳定性贡献更大以及它们的相互作用如何影响临床结果。我们发现涉及和两条途径的交换是和升高的关键原因。这些突变与和增加之间的关联与之前基于数据的报告一致，这些数据涉及与反应相关的基因组和转录组特征。和途径分别监测和修复双链断裂和单链断裂，而途径负责插入删除校正。我们推测高和是突变积累增加的结果。

良好的临床获益。，的生存曲线。，队列中组和−组之间客观缓解率的比较。，和队列中接受抗治疗的黑色素瘤患者中与组比较的生存曲线。队列中组和−组之间客观缓解率的比较。，队列中接受抗治疗的黑色素瘤患者中与组比较的生存曲线。，队列中和−组之间的客观反应率比较。我们对两个转移性黑色素瘤队列队列和队列使用抗体治疗，进行了汇总分析。共有名患者被分类为，他们的总生存期显着延长中位生存期为个月与个月针对队列调整的，，–图。然而，肿瘤反应率没有观察到差异，，图。队列招募了名接受抗治 疗的晚期黑色素瘤患者 共同患者表现出较高的中位 与个月，，–图和与，，图。与−患者相比。此外，在这四个公共队列中，单个通路突变体和野生型组之间的生存结果没有发现显着差异补充图，进一步支持了以下假设：单个突变的通路不具有显着性差异。足以预测带来的更大收益。为了验证是否是预测或预后因素，我们使用倾向评航空运输电子邮件列表分匹配根据中的状态进行生存分析。结果，在或黑色素瘤患者中，和亚组之间的没有显着差异图和，这表明是临床症状的预测因子。代替预后标志物的益处。图图的换向状态与临床预后之间的关联。，比较患者和−组的总体生存的生存曲线。，比较皮肤黑色素瘤患者和−组的总生存曲线。 查看大图下载幻灯片的换向状态与临床预后之间的关联。，比较患者和 组的总体生存的生存曲线。， 美国在线电子邮件列表 肤黑色素瘤患者的总生存期的生存曲线，比较和组。换相状态与表达和作为预测生物标志物的相关性在临床队列中，进一步将突变状态的预测能力与表达或进行比较。由计算的以上四分位数或中位数作为截止值未能一致地预测的生存改善，因此明显不如作为预测标记的换相状态补充表。此外，在队列的低定义为低于前四分位数的患者中，患者的中位和均显着优于患者中位与个月，，图左：，图左。之间没有区

型，只有在非洲裔美国人中显示出显着高于美国白人受试者的突变率未调整的值，比值比。我们没有发现肿瘤不同分期或状态之间突变率存在显着差异，只是在大尺寸癌症中显示突变率显着高于小尺寸癌症未调整值，优势比。由于表型肿瘤分期和反映了肿瘤的发展或进展状态，因此我们的结果表明突变可能是肿瘤 发生的早期事件并驱动其进展 这一结论与之前的研究 致。突变与了种癌症类型中突变型癌症和野生型癌症之间的总生存时间由于同时具有突变和生存数据的样本很少，因此从分析中排除了种癌症类型。生存曲线图汽车货运电子邮件列表显示，在和七种癌症类型中，与没有突变的患者相比，有突变的患者的预后明显较差然而，他们在中具有更好的预后对数秩检验，未调整的值<。我们还比较了突变和突变之间的无病生存时间。种癌症类型中的野生型癌症由于极少数样本同时具有突变 和复发数据，因此排除了种癌症类型。生存曲线图显示，在 和三种癌症类型中，与没有突变的患者相比 美国在线电子邮件列表 ，具有突变的患者的预后显着较差对数秩检验，未调整的值<。这些结果证实，突变会导致多种癌症的临床结果不佳。卡普兰·迈尔图：生存曲线显示突变型和野生型癌症患者之间显着的总生存或无病生存时间差异对数秩检验，未调整的值<。基因在癌症中的表达鉴定与癌症

腺癌胆汁胆管癌淋巴肿瘤弥漫性大细胞淋巴瘤左心髓白血病急性粒细胞白血病中华电子学会宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌第章胸腺瘤基尔普肾肾乳头状细胞癌基尔克研究中心肾透明细胞癌睾丸生殖细胞肿瘤四氢大麻酚甲状腺癌前列腺素嗜铬细胞瘤和副神经节瘤葡萄膜黑色素瘤不 适用突变率按降序排列 突变率在相应癌症类型中的排名。在 某些癌症类型中的突变率相对较低，例如胸腺瘤肾肾乳头状细胞癌肾透明细胞癌睾丸生殖细胞肿瘤甲状腺癌嗜铬细胞瘤和副神经节瘤和葡萄膜黑色素瘤。然而，大多数这些癌症都相对罕见。令人惊讶的是，来自同一器官但不同细胞类型的癌症中突变率存在显着差异，例如和肾邮政编码电子邮件列表嫌色细胞，分别为和。突变由八类组成：错义无义移码删除移码插入框内删除框内插入沉默和剪接位点。图总结了所有种癌症类型中各类突变的比例。最常见的突变类型是 错义无义和移码缺失。每种癌症类型的所有突变中每一类突 变的比例列于补充表中。一般来说，无义突 美国在线电子邮件列表 变移码缺失移码插入和剪接位点突变都是高度有害的，占所有的突变属于这些类别之一。相比之下，框内删除框内插入和沉默突变的有害影响相对较小，但所有突变中只有属于这些突变类别之一。由于大多数错义突变是有害的，我们可以得出结论，在癌症中发现的突变中，有害或功能改变突变占主导地位。图：变体分类。突变癌症中表达水平升高的基因与野生型癌症相比，在突变癌症中表达更高的基因最重要的功能是充

正常细胞。症基因组数据。现在使我们能够识别的潜在基因。在这项研究中，我们通过分析种人类癌症类型的数据，探索了的基因组改变及其相互作用网络。我们分析了突变和基因表达数据，以确定相互作用网络中的潜在节点，并分别根据种癌症类型的突变和表达谱进行生存分析。我们还鉴定了的潜在基因，以寻找突变癌症患者个体化治疗的分子靶点。结果癌症中的突变我们计算了种癌症类型的突变率表。 几乎三分之一的癌症类型的突变率大于，超过一半的癌 症类型的突变率大于。突变率最高的两种癌症类型影响女性：子宫癌肉瘤和卵巢浆液性囊腺癌。其他八种具有的癌症类型突变率超过的包括四种胃肠癌：食管癌直肠腺新业务线索电子邮件列表癌胰腺腺癌和结肠腺癌两种肺癌：肺鳞状细胞癌和肺腺癌头颈鳞状细胞癌和脑低级别胶质瘤。对于每种癌症类型，我们按照突变率降序排列受影响的基因补充表。我们发现在六种癌症类型中突变率最高：和肉瘤，在其他七种癌症类型中突变率第二高：膀胱尿路上皮癌胃腺癌肝癌 和乳腺浸润性癌。如果排除在种癌症中突变率最高的极长 基因，我们发现在种癌症中突变率最高，并 美国在线电子邮件列表 且是种癌症中突变率最高的前三个基因之一类型。这些数据证实在多种癌症类型中经常发生突变。表：种癌症类型中的突变率癌症类型全名突变率排名统一计算系统子宫癌肉瘤卵巢浆液性囊腺癌食管癌肺鳞状细胞癌读直肠腺癌颈椎间盘突出症头颈鳞状细胞癌胰腺腺癌结肠腺癌卢阿德肺腺癌脑低级别胶质瘤膀胱尿路上皮癌斯塔德胃腺癌沙特研究中心肉瘤基奇肾嫌色细胞肝癌乳腺癌乳腺浸润性癌子宫