碱基b。基因面板，分别附录图，仅限在线）。拷贝数改变基因组）的分数被定义为相对于具有拷贝数分析的基因组大小，log拷贝数增益>或丢失的基因组分数。用于的肿瘤样本是在名患者；附录表，仅在线）进行免疫治疗之前收集的。基因和通路分析查询单个基因在和非组中的富集情况。分析包括nco报告的先前描述的致癌或可能的致癌变异以及意义未知的变异。除非另有说明，报告的百分比包括所有变体。
在徕卡进行抗原修复分钟后 德
国）上使用β微球蛋白；多克隆，μgm；，哥本哈根，丹麦）对一名患者的玻片进行免疫组织化学染色通过ondolymerefine检测获得缓冲液。韦斯一部分患者n的肿瘤正常组织均通过和进行了分析。名患者的两次分析均使用相同的组织样本；个来自相同的等份。富集的外显子组文库在ieq平台llumina，圣地亚哥，加利福尼亚州）上进行测序，以生成配对末端读数×个碱基对），目标为×平均覆盖度个在马萨诸塞州剑桥布罗德研究所测序；个）在测序）。肿瘤中的平均目标覆盖率为倍，正常序列中的平均目标覆盖率为倍；排除肿瘤中平均靶标覆盖率×或正常序列中×的
情况。对于每位患者，通过将肿瘤和正常序列与添加了诱饵
重叠群的b人类基因组构建进行比对，生成二进制比对图文件。额外的插入缺失重新调整碱基质量分数重新校准uect用于通过使用稍微修改的默认参数来生成单核苷酸变异调用附录表，仅在线）。变异检测管道源代码的完整列表可在线获取。基因组分析工具包aplotypealler用于检测插入缺失。测试对个肿瘤的组织进行了表达评估，报告为膜染色的肿瘤细胞的百分比。使用
